La iglesia fue fundada en 1892 por el sacerdote católico portugués José de Almeida Silva. Tras su muerte en 1918, la capilla permaneció abierta para oraciones, pero en 1924 fue cerrada. Un nuevo capítulo en la historia de la iglesia comenzó con la llegada de emigrantes rusos a San Pablo. Las iconos para el iconostasio fueron creadas por Mijaíl Lobanov, incluyendo la imagen del santo Nicolás el Milagroso. Las iconos de las doce festividades fueron pintadas por el artista Nikolái Mishatkin. El icono del altar fue traído de China por el sacerdote Fiódor Vilkok. Dos grandes iconos del coro, que representan al santo Alexis, metropolitano de Moscú, y al venerable Sergio de Radonezh, fueron creados por el artista Dmitri Izmailovich.

La parroquia estaba estrechamente relacionada con el Internado para niños rusos de San Vladímir en Itu. El rector de la iglesia, el ieromonje jesuita Iván Stoytser, declaró en 1966 y 2004 su intención de legar la parroquia al Patriarcado de Moscú. La parroquia organiza fiestas infantiles y veladas culturales. En la iglesia funciona una biblioteca con literatura clásica y infantil, así como se imparten cursos de portugués para principiantes.