L'église a été fondée en 1892 par le prêtre catholique portugais José de Almeida Silva. Après sa mort en 1918, la chapelle est restée ouverte pour la prière, mais elle a été fermée en 1924. Une nouvelle étape dans l'histoire de l'église a commencé avec l'arrivée des émigrés russes à São Paulo. Les icônes pour le retable ont été créées par Mikhaïl Lobanov, y compris l'image de saint Nicolas le Miracleux. Les icônes des douze fêtes ont été peintes par l'artiste Nikolaï Mishatkin. L'icône de l'autel a été apportée de Chine par le prêtre Fiodor Vilkok. Deux grandes icônes de chœur, représentant saint Alexis, métropolite de Moscou, et le bienheureux Serge de Radonège, ont été créées par l'artiste Dmitri Izmaïlovitch.

La paroisse était étroitement liée à l'Internat pour garçons russes saint Vladimir à Itu. Le supérieur de l'église, l'hiéromoine jésuite Ioann Shtoïsser, a à plusieurs reprises déclaré en 1966 et 2004 son intention de léguer la paroisse au Patriarcat de Moscou. La paroisse organise des matinées pour enfants et des soirées culturelles. Une bibliothèque avec de la littérature classique et enfantine fonctionne près de l'église, et des cours de portugais pour débutants y sont également proposés.