В 1834 году московская евангелическо-реформатская община приобрела участок земли в Малом Трехсвятительском переулке (современный адрес, владение № 3), где находился каменный жилой дом, построенный в конце XVIII века. Через десять лет архитектор В.А. Балашов перестроил это здание, чтобы приспособить его для проведения богослужений.

Кальвинисты переехали сюда на Ивановскую горку из Немецкой слободы. В Немецкой слободе, с 1694 года, на углу Немецкой (ныне Бауманской) улицы и Голландского (ныне Денисовского) переулка стояла кирпичная реформатская церковь, рядом с которой был похоронен известный генерал Франц Лефорт, соратник Петра I. Церковь сгорела в пожаре 1812 года, и некоторое время службы проводились в частично восстановленном здании, пока не состоялся переезд.

Со временем число прихожан значительно увеличилось, и в 1865 году здание в Трехсвятительском было полностью перестроено по проекту архитектора Г.И. фон Ниссена. Фасад был оформлен в эклектическом стиле, популярном в то время. Над центральным входом появилось двухчастное "итальянское" окно, а здание венчал фронтон. В 1898 году в главном зале установили орган, созданный известным немецким мастером Эрнстом Ревером. Сейчас он признан памятником истории и культуры.

Церковь также славилась своим органистом Г. Мюллером. Среди прихожан были известные личности, такие как фотограф М. Шерер и его партнер П. Набгольц, а также банкир Ф. Юнкер.

В 1913, 1915 годах за церковью, с фасадом на Большой Трехсвятительский переулок, было построено трехэтажное здание реформаторского училища по проекту архитектора А.Э. Эрихсона, члена общины.

После революции многие прихожане эмигрировали, и здание в Трехсвятительском переулке передали евангельским христианам, которые в 1944 году объединились с баптистами. Долгое время это место оставалось единственным открытым для богослужений протестантов в Москве. Например, после закрытия и сноса кирхи на улице Вознесенской в 1928 году здесь нашла приют лютеранская община святого Михаила.

В 1937 году часть помещений у евангельских христиан отобрали и передали под общежитие. Расселить жильцов удалось только в 1965 году благодаря приобретению трех кооперативных квартир на средства Всесоюзного Совета евангельских христиан-баптистов. В здании бывшего реформаторского училища открыли среднюю школу, которая действует до сих пор.

В 1940 году к евангельским христианам присоединили Московскую общину адвентистов седьмого дня. Через шесть лет, в связи с ростом числа прихожан, молитвенный зал перестроили: вдоль стен появились галереи на 500 человек, а балкон перед органом удлинили для хора.

Летом 1972 года церковь посетил президент США Ричард Никсон во время своего визита в Москву.

Сейчас здесь находится Московская Центральная церковь евангельских христиан-баптистов. В определенные дни свои богослужения проводят также адвентисты седьмого дня. В здании регулярно проходят концерты органной музыки.