En 1834, la communauté évangélique réformée de Moscou a acquis un terrain dans la petite ruelle des Trois Saints (adresse moderne, propriété n° 3), où se trouvait une maison en pierre construite à la fin du XVIIIe siècle. Dix ans plus tard, l'architecte V.A. Balachov a reconstruit ce bâtiment pour l'adapter à la tenue de services religieux.

Les calvinistes ont déménagé ici depuis la colline d'Ivanovskaya, en provenance de la colonie allemande. Dans la colonie allemande, depuis 1694, se tenait une église réformée en briques à l'angle de la rue allemande (aujourd'hui rue Baumanskaya) et de la ruelle hollandaise (aujourd'hui ruelle Denisovskaya), à côté de laquelle était enterré le célèbre général Franz Lefort, compagnon de Pierre Ier. L'église a brûlé lors de l'incendie de 1812, et pendant un certain temps, les services ont été tenus dans un bâtiment partiellement restauré, jusqu'à ce que le déménagement ait lieu.

Avec le temps, le nombre de fidèles a considérablement augmenté, et en 1865, le bâtiment de la rue des Trois Saints a été entièrement reconstruit selon le projet de l'architecte G.I. von Nissen. La façade a été décorée dans un style éclectique, populaire à l'époque. Au-dessus de l'entrée centrale, une fenêtre « italienne » à deux parties est apparue, et le bâtiment était surmonté d'un fronton. En 1898, un orgue, créé par le célèbre maître allemand Ernst Rever, a été installé dans la salle principale. Il est maintenant reconnu comme un monument d'histoire et de culture.

L'église était également célèbre pour son organiste G. Müller. Parmi les fidèles se trouvaient des personnalités connues, telles que le photographe M. Scherer et son partenaire P. Nabgolts, ainsi que le banquier F. Junker.

En 1913 et 1915, un bâtiment de trois étages pour l'école réformée a été construit derrière l'église, donnant sur la grande ruelle des Trois Saints, selon le projet de l'architecte A.E. Erichson, membre de la communauté.

Après la révolution, de nombreux fidèles ont émigré, et le bâtiment de la rue des Trois Saints a été transféré aux chrétiens évangéliques, qui se sont unis aux baptistes en 1944. Pendant longtemps, cet endroit est resté le seul ouvert aux services des protestants à Moscou. Par exemple, après la fermeture et la démolition de l'église sur la rue Voznesenskaya en 1928, la communauté luthérienne de Saint-Michel y a trouvé refuge.

En 1937, une partie des locaux des chrétiens évangéliques a été réquisitionnée et transformée en dortoir. Les résidents ont pu être relogés seulement en 1965 grâce à l'acquisition de trois appartements coopératifs financés par le Conseil pan-soviétique des chrétiens évangéliques-baptistes. Dans le bâtiment de l'ancienne école réformée, une école secondaire a été ouverte, qui fonctionne encore aujourd'hui.

En 1940, la communauté adventiste du septième jour de Moscou a rejoint les chrétiens évangéliques. Six ans plus tard, en raison de l'augmentation du nombre de fidèles, la salle de prière a été reconstruite : des galeries pour 500 personnes ont été ajoutées le long des murs, et le balcon devant l'orgue a été prolongé pour le chœur.

En été 1972, l'église a été visitée par le président américain Richard Nixon lors de sa visite à Moscou.

Aujourd'hui, il s'agit de l'Église centrale de Moscou des chrétiens évangéliques-baptistes. À certains jours, les adventistes du septième jour tiennent également leurs services. Des concerts de musique d'orgue y ont régulièrement lieu.