213 лет назад, вдали от крупных городов и шумных дорог, был основан первый Черноморский монастырь. Императрица Екатерина II, подарив земли черноморцам, распорядилась создать мужской монастырь, названный Екатерино-Лебяжская Николаевская пустынь. Монастырь должен был следовать примеру строгой жизни иноков Саровской обители. Первым настоятелем стал бывший иеромонах Самарского монастыря Феофан, который был возведен в сан архимандрита и прибыл в монастырь в 1796 году. Пустынь возникла на пустом месте, где кроме камыша и нетронутой земли ничего не было.

Первые постройки на острове представляли собой соломенные шалаши, в которых вместе с настоятелем поселились один иеродиакон, иеромонах и пятнадцать казаков-послушников. Архимандрит Феофан, обладая опытом и талантом строителя, с усердием занялся обустройством пустыни. Он заключил договоры с ростовскими купцами и работниками по всей Черномории, объездив на бричке множество верст. К строительству привлек войсковую старшину, среди которых были известные люди Черномории. Кошевой атаман Захарий Чепига подарил монастырю плотинную мельницу и тысячу рублей.

Войсковой судья Антон Головатый и войсковой писарь Тимофей Котляревский, как и многие другие старшины, пожертвовали по тысяче рублей из своих сбережений. Церковные здания строились по специальным чертежам, хотя общего плана не существовало. Первые постройки были из бревен, досок и камыша, обмазывались глиной и крылись камышом. Так появились трапезная церковь, келарня, поварня, пекарня, братские, больничная и настоятельские кельи, конюшня. Для хранения монастырских принадлежностей, напитков и продуктов построили амбар, вырыли подвалы и ледник. Территория была огорожена забором из сосновых досок. Строительство было сложным, так как строительные материалы доставляли из Ейска, Ростова и других мест Черномории.

Несмотря на трудности, монастырь не забывал о своем главном предназначении, соблюдении молитвенных правил по уставу пустынных общежительных монастырей. Это касалось, прежде всего, богослужений. Соблюдалось соборное правило, проводились повечерие, вечерня, полуночница, утреня и часы. В великие праздники совершалось всенощное бдение с чтением Священного Писания, а в меньшие праздники, славословие по уставу. В свободное время насельники читали святоотеческую литературу и Священное Писание, доставленные Антоном Головатым вместе с ризницей упраздненного Киево-Межигорского Преображенского монастыря.

Первые насельники пустыни были казаки, израненные на войне и измученные трудной кочевой жизнью. Это были престарелые и искалеченные люди, решившие провести последние годы в монастыре. Их искренним желанием было умереть в монашеском чине. Долгий искус послушания был обязательным для посвящения в монашество, но многие казаки умирали, не пройдя его. Архимандрит Феофан с поддержкой войскового руководства просил Святейший Синод разрешить постригать в монахи престарелых казаков, и Синод, как исключение, дал согласие.

Жители поселка Лебяжий Остров, включая Нину Мальцеву, Татьяну Кириченко, Галину Ещенко и Раису Максимову, начали просветительскую работу для возрождения истории монастыря. Кириченко и Максимова возглавили школьный кружок, материалы которого легли в основу школьного музея краеведения. Благодаря усилиям работников птицесовхоза «Лебяжий Остров» был воссоздан церковный приход в станице Чепигинской при Свято-Троицком храме.

Прихожане делились воспоминаниями о Лебяжьем острове 30-40-х годов XX века, когда при строительстве совхоза находили свидетельства деятельности исторической святыни Кубани: полуразрушенную колокольню и захоронения монахов.

4 июля 2011 года в здание бывшего ДК ЗАО «Лебяжье-Чепигинское» вселилась монашеская братия, началось возрождение Екатерино-Лебяжской Николаевской пустыни. В настоящее время строится монастырский храм в честь святителя Николая.