Hace 213 años, lejos de las grandes ciudades y caminos ruidosos, se fundó el primer monasterio del Mar Negro. La emperatriz Catalina II, al regalar tierras a los habitantes del Mar Negro, ordenó la creación de un monasterio masculino, llamado Екатерино-Лебяжская Николаевская пустынь. El monasterio debía seguir el ejemplo de la estricta vida de los monjes de la comunidad de Sarov. El primer abad fue el ex-ieromonje del monasterio de Samara, Teófan, quien fue elevado al rango de archimandrita y llegó al monasterio en 1796. La пустынь surgió en un lugar vacío, donde no había nada más que cañas y tierra virgen.

Las primeras construcciones en la isla consistían en chozas de paja, donde junto con el abad se establecieron un ierodiácono, un ieromonje y quince cosacos postulantes. El archimandrita Teófan, con experiencia y talento como constructor, se dedicó con esmero a la organización de la пустынь. Firmó contratos con comerciantes de Rostov y trabajadores de toda la región del Mar Negro, recorriendo muchas verstas en una carreta. Para la construcción, atrajo a la alta oficialidad militar, entre los cuales había personas conocidas del Mar Negro. El ataman cosaco Zajar Chépiga donó al monasterio un molino de embalse y mil rublos.

El juez militar Antón Golovaty y el escribano militar Timoféi Kotliarévsky, al igual que muchos otros oficiales, donaron mil rublos de sus ahorros. Los edificios de la iglesia se construyeron según planos especiales, aunque no existía un plan general. Las primeras construcciones eran de troncos, tablones y cañas, se cubrían con arcilla y se techaban con cañas. Así aparecieron la iglesia de la cena, la celda del economato, la cocina, la panadería, las celdas de los hermanos, el hospital y la celda del abad, así como un establo. Para almacenar los bienes del monasterio, bebidas y productos, se construyó un granero, se cavaron sótanos y un pozo de hielo. El territorio estaba cercado con una valla de tablones de pino. La construcción fue complicada, ya que los materiales de construcción se traían de Eisk, Rostov y otros lugares del Mar Negro.

A pesar de las dificultades, el monasterio no olvidó su principal propósito, el cumplimiento de las reglas de oración según el estatuto de los monasterios comunitarios del desierto. Esto se refería, ante todo, a los servicios religiosos. Se cumplía la regla de la asamblea, se realizaban las vigilias, las oraciones de la tarde, la medianoche, la mañana y las horas. En las grandes festividades se celebraba la vigilia nocturna con la lectura de las Sagradas Escrituras, y en las festividades menores, la alabanza según el estatuto. En su tiempo libre, los residentes leían literatura de los santos padres y las Sagradas Escrituras, traídas por Antón Golovaty junto con la sacristía del abolido monasterio de la Transfiguración de Kiev-Mezhyhirya.

Los primeros residentes de la пустынь eran cosacos, heridos en la guerra y agotados por la dura vida nómada. Eran personas ancianas y mutiladas, decididas a pasar sus últimos años en el monasterio. Su sincero deseo era morir en el estado monástico. Un largo período de obediencia era obligatorio para la dedicación al monacato, pero muchos cosacos morían sin haberlo completado. El archimandrita Teófan, con el apoyo de la dirección militar, pidió al Santo Sínodo que permitiera la tonsura de los cosacos ancianos, y el Sínodo, como excepción, dio su consentimiento.

Los habitantes del pueblo de Lebyazhy Ostrov, incluyendo a Nina Maltseva, Tatyana Kirichenko, Galina Yshchenko y Raisa Maximova, comenzaron un trabajo educativo para revivir la historia del monasterio. Kirichenko y Maximova encabezaron un círculo escolar, cuyos materiales sirvieron de base para el museo escolar de estudios locales. Gracias a los esfuerzos de los trabajadores de la granja avícola 'Lebyazhy Ostrov', se recreó la parroquia en la stanitsa Chepiginskaya en la iglesia de la Santísima Trinidad.

Los feligreses compartieron recuerdos sobre la isla Lebyazhy en las décadas de 1930 y 1940, cuando durante la construcción de la granja estatal se encontraban evidencias de la actividad de la histórica santidad de Kuban: un campanario medio en ruinas y los enterramientos de los monjes.

El 4 de julio de 2011, la comunidad monástica se trasladó al edificio del antiguo centro cultural de la empresa 'Lebyazhe-Chepiginskoye', comenzando así la revitalización de la Екатерино-Лебяжская Николаевская пустынь. Actualmente se está construyendo un templo monástico en honor al santo Nicolás.