Джон Пол появился на свет в поместье Арбиглэнд, расположенном недалеко от Киркбина на юге Шотландии. Его отец, Джон Пол-старший, работал садовником у помещика Вильяма Крэйка. 29 ноября 1733 года он вступил в брак с Джин Дафф, матерью Джона Пола, в Нью Эбби, Керкуби. Сейчас это музей-дом, где провел детство Джон Пол Джонс, будущий адмирал Русского императорского флота.