John Paul nació en la finca Arbigland, ubicada cerca de Kirkbean en el sur de Escocia. Su padre, John Paul Sr., trabajaba como jardinero para el terrateniente William Craik. El 29 de noviembre de 1733, se casó con Jean Duff, madre de John Paul, en New Abbey, Kirkcudbright. Ahora es un museo-casa, donde pasó su infancia John Paul Jones, futuro almirante de la Armada Imperial Rusa.