Одно из старейших кладбищ Москвы, признанное объектом культурного наследия, было основано в 1771 году возле Даниловского монастыря, рядом с поселением Даниловская слобода. Его появление связано с эпидемией чумы, когда число умерших было настолько велико, что мест для захоронений в городе не хватало. Сенат запретил хоронить жертв болезни в городской черте.

Во время эпидемии на кладбище ежедневно хоронили до восьмисот человек. На склоне Андреевского оврага, рядом с центральной частью кладбища, выделили участок для умерших иностранцев и иноверцев. Сейчас это мусульманская часть кладбища с отдельным входом. Здесь находится могила известного танцовщика и хореографа Махмуда Эсамбаева.

До революций начала XX века на Даниловском кладбище в основном хоронили купцов, ремесленников и мещан из близлежащей слободы. Одно из самых известных купеческих захоронений принадлежит роду Третьяковых, известных благодаря Павлу Михайловичу, основателю Третьяковской галереи. Здесь также находится семейное захоронение рода Боткиных.

В 1916 году московский писатель-краевед Алексей Саладин писал, что Даниловское кладбище можно назвать купеческим, так как оно расположено рядом с купеческим Замоскворечьем. На этом кладбище было множество купеческих памятников, характерных для середины прошлого века, однако сегодня большинство из них утрачено.

На Даниловском кладбище покоятся историк Иван Ковальченко, лингвист Афанасий Селищев, филолог Сергей Аверинцев, искусствовед Сергей Дурылин, москвовед Михаил Александровский, футболист Валерий Воронин, писатель Юрий Яковлев, артист Борис Новиков, журналисты Ярослав Голованов и Владимир Кара-Мурза, экономисты Александр Лившиц и Николай Шмелев, киновед Глеб Скороходов.

Здесь также похоронены Герои Советского Союза Николай Сидоров, Иван Зайкин и Илья Котов. В советское время кладбище стало местом упокоения многих представителей православного духовенства.

Центральное кладбище было известно могилой святой Матроны Дмитриевны Никоновой. В 1998 году ее мощи перенесли в Покровский монастырь, но поток паломников не уменьшился.

На Даниловском кладбище покоятся многие представители купеческой династии Третьяковых. В 2021 году завершилась реставрация четырех надгробий, признанных объектами культурного наследия. Были восстановлены надгробия Зинаиды и Софьи, жены и дочери Сергея Васильевича Третьякова, а также надгробия четырех кузин Павла и Сергея Михайловичей Третьяковых.

Белоснежная церковь в стиле ампир с колокольней, где проходят службы по усопшим, была построена на месте деревянного храма в честь священномучеников Херсонских, возведенного в конце 1772 года. К 1828 году храм обветшал, и купец Семен Лепешкин инициировал строительство нового, рядом с которым появилась богадельня. На его средства также были построены ограда кладбища и флигель. Новый храм освятили в 1838 году во имя Сошествия Святого Духа, проектировал его Федор Шестаков. В 1901 году на территории кладбища была построена церковь Николая Чудотворца и Никольская часовня по проекту Николая Струкова. Сохранились старый иконостас и росписи 1832 года.

Во время войны на территории кладбища находилась зенитная батарея, и были установлены бетонные доты, два из которых сохранились до наших дней.

Общая площадь кладбища составляет 35 гектаров.