Eines der ältesten Friedhöfe Moskaus, als Kulturdenkmal anerkannt, wurde 1771 in der Nähe des Danilov-Klosters, neben der Siedlung Danilovskaya Sloboda, gegründet. Sein Entstehen ist mit der Pestepidemie verbunden, als die Zahl der Verstorbenen so hoch war, dass es nicht genug Plätze für Beisetzungen in der Stadt gab. Der Senat verbot es, die Opfer der Krankheit innerhalb der Stadtgrenzen zu beerdigen.

Während der Epidemie wurden auf dem Friedhof täglich bis zu achthundert Menschen beerdigt. Am Hang des Andreyevsky-Tals, in der Nähe des zentralen Teils des Friedhofs, wurde ein Bereich für verstorbene Ausländer und Andersgläubige ausgewiesen. Heute ist dies der muslimische Teil des Friedhofs mit einem separaten Eingang. Hier befindet sich das Grab des bekannten Tänzers und Choreografen Mahmud Esambaev.

Bis zu den Revolutionen zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurden auf dem Danilov-Friedhof hauptsächlich Kaufleute, Handwerker und Bürger aus der nahegelegenen Sloboda beigesetzt. Eines der bekanntesten Kaufmannsgräber gehört der Familie Tretyakov, die durch Pavel Mikhailovich, den Gründer der Tretyakov-Galerie, bekannt wurde. Hier befindet sich auch die Familiengruft der Botkin-Familie.

Im Jahr 1916 schrieb der Moskauer Schriftsteller und Heimatforscher Alexei Saladin, dass man den Danilov-Friedhof als kaufmännisch bezeichnen könne, da er in der Nähe des kaufmännischen Samoskworetschen liegt. Auf diesem Friedhof gab es viele kaufmännische Denkmäler, die für die Mitte des letzten Jahrhunderts charakteristisch waren, jedoch sind heute die meisten von ihnen verloren.

Auf dem Danilov-Friedhof ruhen der Historiker Ivan Kovalchenko, der Linguist Afanasiy Selishchev, der Philologe Sergey Averintsev, der Kunsthistoriker Sergey Durylin, der Moskauforscher Mikhail Alexandrovsky, der Fußballer Valery Voronin, der Schriftsteller Yuri Yakovlev, der Künstler Boris Novikov, die Journalisten Yaroslav Golovanov und Vladimir Kara-Murza, die Ökonomen Alexander Livshits und Nikolai Shmelev sowie der Filmwissenschaftler Gleb Skorokhodov.

Hier sind auch die Helden der Sowjetunion Nikolai Sidorov, Ivan Zaykin und Ilya Kotov beerdigt. In der Sowjetzeit wurde der Friedhof zur Ruhestätte vieler Vertreter des orthodoxen Klerus.

Der zentrale Friedhof war bekannt durch das Grab der Heiligen Matrona Dmitrievna Nikonova. 1998 wurden ihre Überreste in das Pokrovsky-Kloster überführt, aber der Zustrom von Pilgern ließ nicht nach.

Auf dem Danilov-Friedhof ruhen viele Vertreter der Kaufmannsdynastie Tretyakov. Im Jahr 2021 wurde die Restaurierung von vier Grabsteinen abgeschlossen, die als Kulturdenkmäler anerkannt sind. Die Grabsteine von Zinaida und Sofia, der Frau und Tochter von Sergey Vasilievich Tretyakov, sowie die Grabsteine von vier Cousinen von Pavel und Sergey Mikhailovich Tretyakov wurden restauriert.

Die schneeweiße Kirche im Empire-Stil mit dem Glockenturm, in der Gottesdienste für die Verstorbenen stattfinden, wurde anstelle der hölzernen Kirche zu Ehren der heiligen Märtyrer von Cherson, die Ende 1772 errichtet wurde, gebaut. Bis 1828 war die Kirche baufällig, und der Kaufmann Semyon Lepeshkin initiierte den Bau einer neuen, neben der eine Wohltätigkeitsanstalt entstand. Mit seinen Mitteln wurden auch die Umzäunung des Friedhofs und das Flügelgebäude errichtet. Die neue Kirche wurde 1838 im Namen der Herabkunft des Heiligen Geistes geweiht, ihr Entwurf stammt von Fyodor Shestakov. Im Jahr 1901 wurde auf dem Friedhof die Kirche des heiligen Nikolaus und die Nikolai-Kapelle nach dem Entwurf von Nikolai Strukov erbaut. Der alte Ikonostase und die Malereien von 1832 sind erhalten geblieben.

Während des Krieges befand sich auf dem Friedhof eine Flakbatterie, und es wurden Betonbunker errichtet, von denen zwei bis heute erhalten sind.

Die Gesamtfläche des Friedhofs beträgt 35 Hektar.