Uno de los cementerios más antiguos de Moscú, reconocido como objeto de patrimonio cultural, fue fundado en 1771 cerca del monasterio de Danilovsky, junto al asentamiento de Danilovskaya sloboda. Su aparición está relacionada con la epidemia de peste, cuando el número de fallecidos era tan grande que no había suficientes lugares para entierros en la ciudad. El Senado prohibió enterrar a las víctimas de la enfermedad dentro de los límites de la ciudad.

Durante la epidemia, se enterraban diariamente hasta ochocientas personas en el cementerio. En la ladera del barranco de Andreyevsky, cerca de la parte central del cementerio, se designó un área para los fallecidos extranjeros y no creyentes. Ahora es la parte musulmana del cementerio con una entrada separada. Aquí se encuentra la tumba del famoso bailarín y coreógrafo Mahmud Esambaev.

Hasta las revoluciones de principios del siglo XX, en el cementerio Danilovsky se enterraba principalmente a comerciantes, artesanos y habitantes de la sloboda cercana. Uno de los entierros comerciales más conocidos pertenece a la familia Tretyakov, famosa gracias a Pavel Mijailovich, fundador de la Galería Tretyakov. Aquí también se encuentra el entierro familiar de la familia Botkin.

En 1916, el escritor y local historiador moscovita Alexei Saladin escribió que el cementerio Danilovsky se podía considerar comercial, ya que está ubicado cerca del comercial Zamoskvorechye. En este cementerio había numerosos monumentos comerciales, característicos de mediados del siglo pasado, sin embargo, hoy en día la mayoría de ellos se han perdido.

En el cementerio Danilovsky descansan el historiador Ivan Kovalchenko, el lingüista Afanasy Selishchev, el filólogo Sergey Averintsev, el historiador del arte Sergey Durylin, el moscovita Mikhail Alexandrovsky, el futbolista Valery Voronin, el escritor Yuri Yakovlev, el artista Boris Novikov, los periodistas Yaroslav Golovanov y Vladimir Kara-Murza, los economistas Alexander Livshits y Nikolai Shmelev, y el cineasta Gleb Skorokhodov.

También están enterrados los Héroes de la Unión Soviética Nikolai Sidorov, Ivan Zaykin e Ilya Kotov. En la época soviética, el cementerio se convirtió en el lugar de descanso de muchos representantes del clero ortodoxo.

El cementerio central era conocido por la tumba de la santa Matrona Dmitrievna Nikonova. En 1998, sus restos fueron trasladados al monasterio Pokrovsky, pero el flujo de peregrinos no disminuyó.

En el cementerio Danilovsky descansan muchos representantes de la dinastía comercial Tretyakov. En 2021 se completó la restauración de cuatro lápidas, reconocidas como objetos de patrimonio cultural. Se restauraron las lápidas de Zinaida y Sofía, esposa e hija de Sergey Vasilievich Tretyakov, así como las lápidas de cuatro primas de Pavel y Sergey Mikhailovich Tretyakov.

La iglesia blanca en estilo imperio con campanario, donde se celebran servicios por los difuntos, fue construida en el lugar de un templo de madera en honor a los santos mártires de Jerson, erigido a finales de 1772. Para 1828, el templo estaba en ruinas, y el comerciante Semen Lepeshkin inició la construcción de uno nuevo, junto al cual se construyó un asilo. Con sus fondos también se construyeron la cerca del cementerio y un ala. El nuevo templo fue consagrado en 1838 en nombre de la Descenso del Espíritu Santo, diseñado por Fyodor Shestakov. En 1901 se construyó en el territorio del cementerio la iglesia de San Nicolás y la capilla de Nicolás según el proyecto de Nikolai Strukov. Se han conservado el antiguo iconostasio y las pinturas de 1832.

Durante la guerra, en el territorio del cementerio había una batería antiaérea, y se instalaron búnkeres de concreto, dos de los cuales han sobrevivido hasta nuestros días.

La superficie total del cementerio es de 35 hectáreas.