Un des plus anciens cimetières de Moscou, reconnu comme un objet du patrimoine culturel, a été fondé en 1771 près du monastère de Danilov, à proximité du village de Danilovskaya Sloboda. Son apparition est liée à une épidémie de peste, lorsque le nombre de morts était si élevé qu'il n'y avait pas assez de places pour les enterrements dans la ville. Le Sénat a interdit d'enterrer les victimes de la maladie dans les limites de la ville.

Pendant l'épidémie, jusqu'à huit cents personnes étaient enterrées chaque jour au cimetière. Sur la pente du ravin d'Andreevsky, près de la partie centrale du cimetière, une parcelle a été réservée pour les étrangers et les non-croyants décédés. Aujourd'hui, c'est la partie musulmane du cimetière avec une entrée séparée. Ici repose la tombe du célèbre danseur et chorégraphe Mahmoud Esambaev.

Avant les révolutions du début du XXe siècle, le cimetière de Danilov accueillait principalement des marchands, des artisans et des bourgeois du village voisin. L'une des tombes de marchands les plus célèbres appartient à la famille Tretyakov, connue grâce à Pavel Mikhailovich, fondateur de la galerie Tretyakov. On y trouve également la sépulture familiale de la famille Botkin.

En 1916, l'écrivain et historien local moscovite Alexeï Saladin écrivait que le cimetière de Danilov pouvait être qualifié de cimetière marchand, car il est situé près du quartier marchand de Zamoskvorechye. Ce cimetière avait de nombreux monuments marchands, caractéristiques du milieu du siècle dernier, mais aujourd'hui, la plupart d'entre eux ont été perdus.

Au cimetière de Danilov reposent l'historien Ivan Kovalchenko, le linguiste Afanasy Selishchev, le philologue Sergey Averintsev, l'historien de l'art Sergey Durylin, le moscovite Mikhail Alexandrovsky, le footballeur Valery Voronin, l'écrivain Yuri Yakovlev, l'artiste Boris Novikov, les journalistes Yaroslav Golovanov et Vladimir Kara-Murza, les économistes Alexander Livshits et Nikolai Shmelev, et le cinéaste Gleb Skorokhodov.

On y trouve également enterrés les Héros de l'Union soviétique Nikolai Sidorov, Ivan Zaykin et Ilya Kotov. À l'époque soviétique, le cimetière est devenu le lieu de repos de nombreux représentants du clergé orthodoxe.

Le cimetière central était connu pour la tombe de sainte Matrona Dmitrievna Nikonova. En 1998, ses reliques ont été transférées au monastère Pokrovsky, mais le flux de pèlerins n'a pas diminué.

Au cimetière de Danilov reposent de nombreux membres de la dynastie marchande des Tretyakov. En 2021, la restauration de quatre tombes, reconnues comme objets du patrimoine culturel, a été achevée. Les tombes de Zinaida et Sofia, épouse et fille de Sergey Vasilievich Tretyakov, ainsi que les tombes de quatre cousines de Pavel et Sergey Mikhailovich Tretyakov ont été restaurées.

L'église blanche de style empire avec un clocher, où se déroulent des services pour les défunts, a été construite à l'emplacement d'une église en bois en l'honneur des saints martyrs de Kherson, érigée à la fin de 1772. En 1828, l'église était en ruine, et le marchand Semyon Lepeshkin a initié la construction d'une nouvelle église, à côté de laquelle une maison de charité a été construite. Avec ses fonds, une clôture du cimetière et un pavillon ont également été construits. La nouvelle église a été consacrée en 1838 au nom de la Descente du Saint-Esprit, conçue par Fiodor Shestakov. En 1901, une église de Nicolas le Miracleux et une chapelle de Nicolas ont été construites sur le territoire du cimetière selon le projet de Nikolai Strukov. L'ancien iconostase et les fresques de 1832 ont été préservés.

Pendant la guerre, une batterie anti-aérienne était située sur le territoire du cimetière, et des bunkers en béton ont été installés, dont deux ont survécu jusqu'à nos jours.

La superficie totale du cimetière est de 35 hectares.