Даниловский монастырь, основанный около 1282 года князем Даниилом в честь святого Даниила Столпника, спустя полвека был перенесен в Кремль Иваном Калитой. Это было сделано для создания монастыря рядом с его дворцом. Позже, Иван III перевел его на Крутицы, что привело к появлению Новоспасского монастыря. Старое место Даниловского монастыря пришло в запустение, но в 1560 году по указу Ивана Грозного обитель была восстановлена. Тогда же был построен монастырский собор во имя Семи Вселенских Соборов, который сохранился до наших дней. Монастырская ограда, возведенная в XVI веке, неоднократно перестраивалась.

Главный собор, построенный в 1560 году, был перестроен в середине XVII века и в 1729 году, когда его фасады оформили в стиле нарышкинского барокко. До XX века здесь хранились мощи князя Даниила Московского. Важную роль в оформлении площади перед монастырем играет надвратная колокольня с церковью Симеона Столпника. Северные ворота были заново построены в 1681 году, а церковь-колокольня над ними, в 1731-1732 годах. Позднее она стала частью больницы для монахов Московской епархии. Колокола Даниловского монастыря славились своей мелодичностью и считались одними из лучших в Москве.

В 1833-1838 годах на средства купцов Куманиных и Шустовых архитектор О.И. Бове построил церковь Живоначальной Троицы, вмещавшую до 3000 человек.

В 1930 году Даниловский монастырь, последний в Москве, был закрыт и превращен в детскую колонию-изолятор НКВД. Колокольня была снесена, интерьеры церквей уничтожены, а монастырский некрополь разграблен. Лишь несколько могил, включая могилу Н.В. Гоголя, были перенесены на Новодевичье кладбище. Даниловские колокола, предназначенные для переплавки, были проданы американскому дипломату Чарльзу Крейну и находились в Гарвардском университете до 2007 года, когда их вернули в обмен на точные копии.

В 1983 году комплекс передали церкви для создания патриаршей резиденции. Реставрация завершилась к 1988 году. Была построена новая церковь во имя преподобного Серафима Саровского, здание Патриаршей резиденции с храмом Всех Святых, а также часовни на месте кладбища и в память 1000-летия Крещения Руси.