El monasterio Danilovsky, fundado alrededor del año 1282 por el príncipe Daniel en honor a San Daniel el Estilita, fue trasladado al Kremlin por Iván Kalita medio siglo después. Esto se hizo para crear un monasterio junto a su palacio. Más tarde, Iván III lo trasladó a Krutitsy, lo que llevó a la aparición del monasterio Novospassky. El antiguo lugar del monasterio Danilovsky cayó en ruinas, pero en 1560, por orden de Iván el Terrible, la comunidad fue restaurada. En ese momento se construyó la catedral del monasterio en honor a los Siete Concilios Ecuménicos, que se ha conservado hasta nuestros días. La cerca del monasterio, levantada en el siglo XVI, ha sido reconstruida en varias ocasiones.

La catedral principal, construida en 1560, fue reconstruida a mediados del siglo XVII y en 1729, cuando sus fachadas fueron decoradas en el estilo barroco naryshkin. Hasta el siglo XX, aquí se guardaban las reliquias del príncipe Daniel de Moscú. La torre campanario sobre la puerta juega un papel importante en la decoración de la plaza frente al monasterio, junto con la iglesia de Simeón el Estilita. Las puertas del norte fueron reconstruidas en 1681, y la iglesia-campanario sobre ellas, en 1731-1732. Más tarde, se convirtió en parte del hospital para monjes de la diócesis de Moscú. Las campanas del monasterio Danilovsky eran famosas por su melodiosidad y se consideraban algunas de las mejores en Moscú.

Entre 1833 y 1838, con fondos de los comerciantes Kumanin y Shustov, el arquitecto O.I. Bové construyó la iglesia de la Santísima Trinidad, que podía albergar hasta 3000 personas.

En 1930, el monasterio Danilovsky, el último en Moscú, fue cerrado y convertido en una colonia infantil aislada del NKVD. La torre campanario fue demolida, los interiores de las iglesias destruidos y el necrópolis del monasterio saqueado. Solo unas pocas tumbas, incluida la de N.V. Gogol, fueron trasladadas al cementerio Novodevichy. Las campanas de Danilovsky, destinadas a ser fundidas, fueron vendidas al diplomático estadounidense Charles Crane y estuvieron en la Universidad de Harvard hasta 2007, cuando fueron devueltas a cambio de copias exactas.

En 1983, el complejo fue entregado a la iglesia para crear la residencia patriarcal. La restauración se completó en 1988. Se construyó una nueva iglesia en honor al venerable Serafín de Sarov, el edificio de la residencia patriarcal con el templo de Todos los Santos, así como capillas en el lugar del cementerio y en memoria del milenario del Bautismo de Rusia.