Das Danilow-Kloster, gegründet um 1282 von Fürst Daniil zu Ehren des heiligen Daniil Stulpnik, wurde ein halbes Jahrhundert später von Iwan Kalita in den Kreml verlegt. Dies geschah, um ein Kloster in der Nähe seines Palastes zu schaffen. Später verlegte Iwan III. es nach Krutitsy, was zur Entstehung des Neuspasski-Klosters führte. Der alte Standort des Danilow-Klosters verfiel, aber 1560 wurde das Kloster auf Befehl von Iwan dem Schrecklichen wiederhergestellt. Damals wurde auch die Klosterkirche im Namen der Sieben Ökumenischen Konzile erbaut, die bis heute erhalten geblieben ist. Die Klostermauer, die im 16. Jahrhundert errichtet wurde, wurde mehrfach umgebaut.

Die Hauptkirche, die 1560 erbaut wurde, wurde in der Mitte des 17. Jahrhunderts und 1729 umgebaut, als ihre Fassaden im Stil des Naryschkin-Barock gestaltet wurden. Bis zum 20. Jahrhundert wurden hier die Reliquien des Fürsten Daniil von Moskau aufbewahrt. Eine wichtige Rolle bei der Gestaltung des Platzes vor dem Kloster spielt der Glockenturm mit der Kirche des Simeon Stulpnik. Die Nordtore wurden 1681 neu erbaut, und die Kirche-Glockenturm darüber in den Jahren 1731-1732. Später wurde sie Teil eines Krankenhauses für Mönche der Moskauer Diözese. Die Glocken des Danilow-Klosters waren für ihre Melodiosität berühmt und galten als eine der besten in Moskau.

In den Jahren 1833-1838 wurde mit Mitteln der Kaufleute Kumanyin und Shustov die Kirche der Lebensspendenden Dreifaltigkeit erbaut, die bis zu 3000 Personen fasste.

Im Jahr 1930 wurde das Danilow-Kloster, das letzte in Moskau, geschlossen und in eine Kinderkolonie des NKWD umgewandelt. Der Glockenturm wurde abgerissen, die Innenräume der Kirchen zerstört und der Klosterfriedhof geplündert. Nur einige Gräber, einschließlich des Grabes von N.V. Gogol, wurden auf den Nowodewitschi-Friedhof übertragen. Die für das Einschmelzen bestimmten Danilow-Glocken wurden an den amerikanischen Diplomaten Charles Crane verkauft und befanden sich bis 2007 an der Harvard-Universität, als sie im Austausch gegen exakte Kopien zurückgegeben wurden.

1983 wurde der Komplex der Kirche zur Schaffung einer patriarchalen Residenz übergeben. Die Restaurierung wurde bis 1988 abgeschlossen. Es wurde eine neue Kirche im Namen des heiligen Seraphim von Sarow, das Gebäude der patriarchalen Residenz mit der Kirche aller Heiligen sowie Kapellen an der Stelle des Friedhofs und zur Erinnerung an das 1000-jährige Jubiläum der Taufe der Rus erbaut.