Le monastère Danilovsky, fondé vers 1282 par le prince Daniel en l'honneur de saint Daniel le Stylite, a été transféré au Kremlin par Ivan Kalita cinquante ans plus tard. Cela a été fait pour établir un monastère à proximité de son palais. Plus tard, Ivan III l'a déplacé à Krutitsy, ce qui a conduit à la création du monastère Novospassky. L'ancien site du monastère Danilovsky est tombé en ruine, mais en 1560, par décret d'Ivan le Terrible, la communauté a été restaurée. À cette époque, la cathédrale du monastère a été construite au nom des Sept Conciles Œcuméniques, qui a survécu jusqu'à nos jours. La clôture du monastère, érigée au XVIe siècle, a été plusieurs fois reconstruite.

La cathédrale principale, construite en 1560, a été reconstruite au milieu du XVIIe siècle et en 1729, lorsque ses façades ont été décorées dans le style baroque de Naryshkin. Jusqu'au XXe siècle, les reliques du prince Daniel de Moscou y étaient conservées. Un rôle important dans l'aménagement de la place devant le monastère est joué par le clocher d'entrée avec l'église de Siméon le Stylite. Les portes nord ont été reconstruites en 1681, et l'église-clocher au-dessus d'elles, en 1731-1732. Plus tard, elle est devenue une partie de l'hôpital pour les moines de l'Éparchie de Moscou. Les cloches du monastère Danilovsky étaient célèbres pour leur mélodicité et étaient considérées comme les meilleures de Moscou.

Entre 1833 et 1838, grâce aux fonds des marchands Kumanins et Shustovs, l'architecte O.I. Bove a construit l'église de la Sainte Trinité Vivifiante, pouvant accueillir jusqu'à 3000 personnes.

En 1930, le monastère Danilovsky, le dernier à Moscou, a été fermé et transformé en colonie d'enfants-isolateur du NKVD. Le clocher a été démoli, les intérieurs des églises détruits, et le nécropole du monastère pillée. Seules quelques tombes, y compris celle de N.V. Gogol, ont été transférées au cimetière Novodevichy. Les cloches de Danilov, destinées à être fondues, ont été vendues au diplomate américain Charles Crane et ont été conservées à l'Université de Harvard jusqu'en 2007, lorsqu'elles ont été restituées en échange de copies exactes.

En 1983, le complexe a été transféré à l'Église pour créer la résidence patriarcale. La restauration a été achevée en 1988. Une nouvelle église en l'honneur du saint Séraphim de Sarov a été construite, ainsi que le bâtiment de la résidence patriarcale avec le temple de Tous les Saints, ainsi que des chapelles sur le site du cimetière et en mémoire du millénaire de la christianisation de la Russie.