Святые врата служат входом в монастырь, символически разделяя миры земной и монашеский. Ворота включают две арки разного размера: одна для повседневного, другая для праздничного входа. Над ними расположены две церкви, Богоявления и преподобного Ферапонта, которые сохранили все элементы своей архитектуры. Эти церкви, являясь примером шатровых построек XVII века, выделяются своей уникальностью и живописностью, благодаря двум стройным шатрам. Вместе с казенной палатой, примыкающей с юга, они формируют главный фасад Ферапонтова монастыря.

В 1666 и 1676 годах, во время ссылки патриарха Никона, церковь Богоявления стала его домовой церковью с 1668 года. Здесь служил полуслепой поп Варлаам, так как Никон был лишен священнического сана. Обе церкви внутри объединены в небольшой прямоугольный объем, вытянутый по оси север-юг и разделенный аркой. Шатры на восьмериках установлены над серединой здания, не связаны с системой сводов, и их вес передается на стены с помощью уникальных разгрузочных арочек, что является редким архитектурным приемом.