Die heiligen Tore dienen als Eingang zum Kloster und trennen symbolisch die irdischen und klösterlichen Welten. Die Tore bestehen aus zwei Bögen unterschiedlicher Größe: einer für den alltäglichen, der andere für den festlichen Eingang. Über ihnen befinden sich zwei Kirchen, die der Epiphanie und des heiligen Ferapont, die alle Elemente ihrer Architektur bewahrt haben. Diese Kirchen, die Beispiele für Zeltdachbauten des 17. Jahrhunderts sind, zeichnen sich durch ihre Einzigartigkeit und Malerhaftigkeit aus, dank ihrer zwei schlanken Zeltkuppeln. Zusammen mit dem südlich angrenzenden Staatsgebäude bilden sie die Hauptfassade des Ferapontovo-Klosters.

In den Jahren 1666 und 1676, während der Verbannung des Patriarchen Nikon, wurde die Kirche der Epiphanie ab 1668 zu seiner Hauskirche. Hier diente der halbblinde Priester Varlaam, da Nikon von seinem Priesteramt entzogen worden war. Beide Kirchen sind innen zu einem kleinen rechteckigen Volumen vereint, das sich entlang der Nord-Süd-Achse erstreckt und durch einen Bogen geteilt ist. Die Zeltkuppeln auf den Achtecken sind über der Mitte des Gebäudes installiert, sind nicht mit dem Gewölbesystem verbunden und ihr Gewicht wird durch einzigartige Entlastungsbögen auf die Wände übertragen, was ein seltenes architektonisches Mittel darstellt.