Les portes sacrées servent d'entrée au monastère, séparant symboliquement les mondes terrestre et monastique. Les portes comprennent deux arcs de tailles différentes : un pour l'entrée quotidienne, l'autre pour l'entrée festive. Au-dessus d'eux se trouvent deux églises, celle de l'Épiphanie et celle du saint Ferapont, qui ont conservé tous les éléments de leur architecture. Ces églises, étant un exemple de constructions à bulbe du XVIIe siècle, se distinguent par leur unicité et leur pittoresque, grâce à deux élégants bulbes. Avec la chambre d'État, adjacente au sud, elles forment la façade principale du monastère de Ferapont.

En 1666 et 1676, pendant l'exil du patriarche Nikon, l'église de l'Épiphanie est devenue sa chapelle domestique à partir de 1668. Un prêtre semi-aveugle, Varlaam, y officiait, car Nikon avait été dépouillé de son sacerdoce. Les deux églises à l'intérieur sont réunies dans un petit volume rectangulaire, allongé selon l'axe nord-sud et divisé par un arc. Les bulbes sur octogones sont installés au-dessus du milieu du bâtiment, non liés au système de voûtes, et leur poids est transféré sur les murs à l'aide de petites arches de décharge uniques, ce qui est une technique architecturale rare.