Las puertas sagradas sirven como entrada al monasterio, simbolizando la división entre los mundos terrenal y monástico. Las puertas incluyen dos arcos de diferente tamaño: uno para la entrada cotidiana, otro para la entrada festiva. Sobre ellos se encuentran dos iglesias, la de la Epifanía y la del venerable Feraponte, que han conservado todos los elementos de su arquitectura. Estas iglesias, siendo un ejemplo de construcciones con cúpulas del siglo XVII, destacan por su singularidad y belleza, gracias a sus dos esbeltas cúpulas. Junto con la sala del gobierno, que se adosa al sur, forman la fachada principal del monasterio de Feraponte.

En 1666 y 1676, durante el exilio del patriarca Nikon, la iglesia de la Epifanía se convirtió en su iglesia doméstica desde 1668. Aquí sirvió el medio ciego sacerdote Varlaam, ya que Nikon había sido despojado de su orden sacerdotal. Ambas iglesias en el interior están unidas en un pequeño volumen rectangular, alargado en la dirección norte-sur y dividido por un arco. Las cúpulas sobre octógonos están instaladas sobre el centro del edificio, no están conectadas con el sistema de bóvedas, y su peso se transfiere a las paredes mediante únicas arquerías de descarga, lo que es un raro recurso arquitectónico.