Первый деревянный храм Макарьевской пустыни был возведен в середине XVII века и освящен в честь Вознесения Господня. В начале XVIII века, как свидетельствует дата на антиминсе, 1703 год, его заменили каменным храмом с тем же посвящением. В середине XVII века монастырь практически прекратил свою деятельность, и службы в Вознесенской церкви проводились лишь изредка приезжавшими монахами. Восстановление монастыря началось в конце XIX века. В период с 1835 по 1839 годы храм был обновлен и стал двухэтажным. На втором этаже располагался главный престол в честь чудотворной иконы Вознесения Господня, а на первом этаже, правый престол во имя Ватопедской Божьей Матери и левый во имя Преподобного Макария Желтоводского. Могила Исайи, основателя пустыни, оказалась в наружной стене Ватопедского придела, и ее точное местоположение до сих пор неизвестно. В храме находились наиболее почитаемые иконы монастыря: икона Преподобного Макария, принесенная Исайей, и икона Ватопедской Божьей Матери, доставленная в начале XIX века с Афона. Строительство церкви было профинансировано жительницей Свияжска Надеждой Ивановной Саврасовой, а колокольня, казанским купцом Евграфом Александровичем Лебедевым.