Le premier temple en bois du désert de Makariévski a été construit au milieu du XVIIe siècle et consacré à l'Ascension du Seigneur. Au début du XVIIIe siècle, comme l'indique la date sur l'antimension, 1703, il a été remplacé par un temple en pierre dédié au même saint. Au milieu du XVIIe siècle, le monastère a pratiquement cessé ses activités, et les services dans l'église de l'Ascension n'étaient célébrés que par des moines venant de temps en temps. La restauration du monastère a commencé à la fin du XIXe siècle. Entre 1835 et 1839, le temple a été rénové et est devenu à deux étages. Au deuxième étage se trouvait l'autel principal en l'honneur de l'icône miraculeuse de l'Ascension du Seigneur, et au premier étage, l'autel de droite au nom de la Mère de Dieu de Vatopédi et l'autel de gauche au nom du Vénérable Macaire de Jeltovodsk. La tombe d'Isaïe, le fondateur du désert, se trouve dans le mur extérieur de la chapelle de Vatopédi, et son emplacement exact reste inconnu. Dans l'église se trouvaient les icônes les plus vénérées du monastère : l'icône du Vénérable Macaire, apportée par Isaïe, et l'icône de la Mère de Dieu de Vatopédi, amenée au début du XIXe siècle depuis le Mont Athos. La construction de l'église a été financée par une habitante de Sviyazhsk, Nadezhda Ivanovna Savrasova, et le clocher par le marchand d'Kazan, Yevgraf Alexandrovich Lebedev.