Die erste hölzerne Kirche der Makariyevskaya Wüste wurde Mitte des 17. Jahrhunderts erbaut und zu Ehren der Himmelfahrt des Herrn geweiht. Zu Beginn des 18. Jahrhunderts, wie das Datum auf dem Antimensium belegt, 1703, wurde sie durch eine steinerne Kirche mit derselben Widmung ersetzt. Mitte des 17. Jahrhunderts stellte das Kloster praktisch seine Tätigkeit ein, und die Gottesdienste in der Himmelfahrtskirche wurden nur selten von anreisenden Mönchen abgehalten. Die Wiederherstellung des Klosters begann Ende des 19. Jahrhunderts. In der Zeit von 1835 bis 1839 wurde die Kirche renoviert und wurde zweigeschossig. Im zweiten Stock befand sich der Hauptaltar zu Ehren des wundertätigen Ikone der Himmelfahrt des Herrn, und im ersten Stock der rechte Altar im Namen der Vatopedi-Mutter Gottes und der linke im Namen des heiligen Makarius von Zheltovodsk. Das Grab von Isai, dem Gründer der Wüste, befand sich in der Außenwand der Vatopedi-Kapelle, und sein genaues Standort ist bis heute unbekannt. In der Kirche befanden sich die am meisten verehrten Ikonen des Klosters: die Ikone des heiligen Makarius, die von Isai gebracht wurde, und die Ikone der Vatopedi-Mutter Gottes, die zu Beginn des 19. Jahrhunderts vom Athos gebracht wurde. Der Bau der Kirche wurde von der Einwohnerin von Swijazhsk, Nadezhda Ivanovna Savrasova, finanziert, und der Glockenturm von dem kasanischen Kaufmann Yevgraf Alexandrovich Lebedev.