Названия сел и деревень обычно давались местными жителями, основываясь на географических объектах, фамилиях, часто встречающихся в поселении, исторических событиях или названиях приходов и фамилиях священников. Можно предположить, что название села Арефино происходит от латинского слова "area", означающего площадь или территорию, а вторая часть слова, "jinn", связана с финно-угорским населением, проживающим на этой территории. Это подтверждается мордовским названием речки Идомка, протекающей в Арефине. Возможно, в прошлом в этом поселении жил знатный человек по имени Арефий, и жители назвали селение Арефино в его честь.

В начале XVII века село Арефино и его приход принадлежали боярину Ивану Никитовичу Романову. В последней четверти этого века Арефино стало дворцовым пашенным селом Федора Алексеевича Романова. В 1689 году поместье было пожаловано братьям Нарышкиным, а в 1698 году закреплено за Львом Кирилловичем Нарышкиным. В 1816 году оно было продано графу Литта.