Los nombres de aldeas y pueblos suelen ser dados por los habitantes locales, basándose en objetos geográficos, apellidos que son comunes en el asentamiento, eventos históricos o nombres de parroquias y apellidos de sacerdotes. Se puede suponer que el nombre de la aldea Arefino proviene de la palabra latina "area", que significa plaza o territorio, y la segunda parte de la palabra, "jinn", está relacionada con la población fino-úgrica que habita en esta zona. Esto se confirma con el nombre mordvín de la corriente de agua Idomka, que fluye en Arefino. Es posible que en el pasado un noble llamado Arefiy viviera en este asentamiento, y los habitantes nombraron la aldea Arefino en su honor.

A principios del siglo XVII, la aldea Arefino y su parroquia pertenecían al boyardo Iván Nikitovich Romanov. En el último cuarto de este siglo, Arefino se convirtió en una aldea de cultivo palaciego de Fiódor Alexéyevich Romanov. En 1689, la propiedad fue otorgada a los hermanos Naryshkin, y en 1698 fue confirmada a Lev Kirílovich Naryshkin. En 1816, fue vendida al conde Litta.