Die Namen von Dörfern und Siedlungen wurden normalerweise von den Einheimischen basierend auf geografischen Objekten, häufig vorkommenden Nachnamen, historischen Ereignissen oder den Namen von Pfarreien und Priestern vergeben. Man kann annehmen, dass der Name des Dorfes Arefino vom lateinischen Wort "area" stammt, was Platz oder Gebiet bedeutet, und der zweite Teil des Wortes, "jinn", mit der finno-ugrischen Bevölkerung, die in diesem Gebiet lebt, verbunden ist. Dies wird durch den mordwinischen Namen des Flusses Idomka, der durch Arefino fließt, bestätigt. Möglicherweise lebte in der Vergangenheit eine angesehene Person namens Arefij in dieser Siedlung, und die Einwohner nannten das Dorf Arefino zu seinen Ehren.

Zu Beginn des 17. Jahrhunderts gehörte das Dorf Arefino und seine Pfarrei dem Boyaren Ivan Nikitovich Romanov. In der letzten Viertel des Jahrhunderts wurde Arefino zu einem fürstlichen Ackerbaudorf von Fjodor Alexejewitsch Romanov. Im Jahr 1689 wurde das Gut den Brüdern Naryshkin geschenkt, und 1698 wurde es an Lew Kirillowitsch Naryshkin übertragen. Im Jahr 1816 wurde es an Graf Litta verkauft.