Входоиерусалимская церковь в Тотьме является одним из самых значительных и впечатляющих памятников тотемского барокко. Это величественное здание поражает устремлённостью форм вверх и богатым декором. Идеальные пропорции, отсутствие горизонтальных линий и ярусность придают церкви лёгкость и стройность. Особенно заметна эта динамика с восточной стороны, где храм напоминает стройный корабль с парусами, наполненными ветром.

Церковь расположена в северо-западной части Тотьмы, известной в прошлом как Саблин конец. Изначально на этом месте стоял деревянный храм Входа Господня в Иерусалим с приделом пророка Илии, который сгорел в 1743 году. Новую церковь строили 17 лет (1774-1791) на средства богатых прихожан Григория и Петра Пановых. Пётр Алексеевич (1719-1786) занимался торговлей мехами с Камчатки, поставляя их как в пределах России, так и за границу, и был личным поставщиком пушнины графа Орлова и князя Потёмкина.

Нижний, зимний храм, где сейчас находится Музей мореходов, был освящён в честь праздника Входа Господня в Иерусалим. Верхняя, летняя церковь, выполненная в двух цветах, посвящена Николаю Чудотворцу, покровителю путешественников и мореплавателей. В начале прошлого века богатый иконостас верхнего храма вызывал восхищение у прихожан.

Клейма на стенах церкви представляют собой высшую стадию развития барочных картушей в тотемской архитектуре. На стенах храма можно насчитать не менее семи различных картушей. Признание этой церкви вершиной тотемского барокко оправдано; конкуренцию ей может составить лишь Троицкий Зашугомский храм, впечатление от которого снижается из-за отсутствия реставрации и колокольни в ином стиле.

Церковь неоднократно обновлялась и переделывалась. По описи 1808 года, на колокольне были купол и глава, а по описи 1848 года, купол и шпиль. Во время пожара 1843 года пострадали крыша, купол, одна из глав, колокольня и вход в верхнюю церковь. После пожара вход был переделан.

В советское время были разобраны завершение колокольни, барабан главки над алтарной апсидой и входная арка крыльца. Интерьер храма был почти полностью утрачен. Долгое время в здании находился цех завода по производству напитков. Реставрационные работы, восстановившие облик храма, проводились в 1980-е, 1990-е и 2000-е годы. В 1996 году к 300-летию российского флота в церкви открылся Музей мореходов. 7 августа 2010 года на звоннице вновь зазвучали колокола, средства на которые собрали в рамках акции «Колокольный звон Тотьмы». Самые большие колокола подарил городу меценат Владимир Глазачев, потомок тотемской купеческой династии Арсаковых.

Музей мореходов и смотровая площадка колокольни продолжают свою работу, хотя сам памятник готовится к передаче Русской православной церкви. Храм упоминается под разными адресами, но названия улиц не вызывают положительных эмоций. Предлагалось назвать площадь перед храмом в честь Станислава Зайцева и установить памятник этому выдающемуся краеведу.

Входоиерусалимская церковь остаётся вершиной тотемского барокко. К сожалению, этот стиль не получил дальнейшего развития. Остальные храмы стали лишь вариациями на тему предыдущих. С приходом к власти императора Павла I, известного своей религиозностью, закончилась эпоха свободного церковного зодчества. На смену пришёл строгий классицизм, а проекты храмов стали разрабатываться в кабинетах столичных архитекторов. Таким образом, сочетание веротерпимых императорских правлений и богатого купеческого капитала в Тотьме привело к созданию местной школы барокко.