Каменная церковь, расположенная на южных святых воротах монастыря, была освящена в честь святого Иоанна Богослова еще в конце XVII века. Однако после пожара 1815 года она сильно пострадала. В 1820 году церковь была разобрана и восстановлена усилиями игуменьи Софии, княжны Болховской. В 1825 году семья Пушкиных пожертвовала 550 рублей на внутреннее обустройство церкви, и в 1826 году она была освящена в честь святых мучениц Веры, Надежды, Любови и их матери Софии. В 1857 году стены и крыша церкви были заново окрашены, а в июле следующего года установлена новая глава вместо старой. 30 декабря 1863 года настоятельница монастыря игуменья Дорифея представила Казанскому архиепископу Афанасию проект по разборке Софийского храма и строительству нового двухэтажного корпуса с церковью, трапезной и больницей. Однако из-за смерти игуменьи Дорифеи и отсутствия средств проект долгое время оставался неосуществленным и в итоге был значительно изменен.

8 января 1866 года игуменья Каллиста сообщила строительному Комитету, что монастырь сможет приступить к строительству нового каменного корпуса только при наличии хотя бы половины необходимой суммы. Настоятельнице Анфие Указом от 16 октября 1867 года было предписано принять все возможные меры для начала строительства больничного корпуса с церковью и поиска средств. Однако из-за отсутствия средств игуменья Анфия не смогла выполнить указ, и в марте 1870 года Духовная Консистория распорядилась приостановить действия строительного Комитета. Оставшиеся от проекта деньги игуменья Анфия направила на покупку воска для свечного завода, который приносил монастырю хороший доход. В 1883 году игуменья Дорофея изменила проект 1863 года и начала строительство нового каменного корпуса с храмом в честь Воздвижения Креста Господня справа от Софийского храма. Таким образом, надвратная Софийская церковь, ожидавшая реконструкции и сноса более двадцати лет, простояла еще более ста лет и сохраняется до сих пор.