La iglesia de piedra, ubicada en las puertas sagradas del monasterio, fue consagrada en honor a San Juan Evangelista a finales del siglo XVII. Sin embargo, tras el incendio de 1815, sufrió graves daños. En 1820, la iglesia fue desmantelada y restaurada gracias a los esfuerzos de la abadesa Sofía, princesa Bolkhovskaya. En 1825, la familia Pushkin donó 550 rublos para el acondicionamiento interior de la iglesia, y en 1826 fue consagrada en honor a las santas mártires Fe, Esperanza, Amor y su madre Sofía. En 1857, las paredes y el techo de la iglesia fueron repintados, y en julio del año siguiente se instaló una nueva cúpula en lugar de la antigua. El 30 de diciembre de 1863, la abadesa del monasterio, la madre Dorofea, presentó al arzobispo de Kazán, Afanasio, un proyecto para desmantelar la iglesia de Sofía y construir un nuevo edificio de dos pisos con iglesia, comedor y hospital. Sin embargo, debido a la muerte de la madre Dorofea y la falta de fondos, el proyecto permaneció sin realizarse durante mucho tiempo y, al final, fue significativamente modificado.

El 8 de enero de 1866, la madre Calista informó al Comité de Construcción que el monasterio podría comenzar la construcción del nuevo edificio de piedra solo si se contaba con al menos la mitad de la suma necesaria. A la madre Anfía se le ordenó, mediante un decreto del 16 de octubre de 1867, tomar todas las medidas posibles para iniciar la construcción del edificio del hospital con la iglesia y buscar fondos. Sin embargo, debido a la falta de recursos, la madre Anfía no pudo cumplir con la orden, y en marzo de 1870, la Consistoría Espiritual ordenó suspender las acciones del Comité de Construcción. El dinero restante del proyecto fue dirigido por la madre Anfía a la compra de cera para la fábrica de velas, que generaba buenos ingresos al monasterio. En 1883, la madre Dorofea modificó el proyecto de 1863 y comenzó la construcción de un nuevo edificio de piedra con un templo en honor a la Elevación de la Cruz del Señor a la derecha de la iglesia de Sofía. Así, la iglesia de Sofía, que había estado esperando su reconstrucción y demolición durante más de veinte años, se mantuvo en pie durante más de cien años y se conserva hasta hoy.