Die steinerne Kirche, die sich an den südlichen heiligen Toren des Klosters befindet, wurde zu Ehren des heiligen Johannes des Täufers bereits Ende des 17. Jahrhunderts geweiht. Nach dem Brand von 1815 erlitt sie jedoch schwere Schäden. Im Jahr 1820 wurde die Kirche abgerissen und mit den Bemühungen der Äbtissin Sofia, Fürstin Bolchowskaja, wiederhergestellt. 1825 spendete die Familie Puschkin 550 Rubel für die innere Ausstattung der Kirche, und 1826 wurde sie zu Ehren der heiligen Märtyrerinnen Glauben, Hoffnung, Liebe und ihrer Mutter Sofia geweiht. 1857 wurden die Wände und das Dach der Kirche neu gestrichen, und im Juli des folgenden Jahres wurde eine neue Kuppel anstelle der alten installiert. Am 30. Dezember 1863 legte die Äbtissin des Klosters, Äbtissin Dorothea, dem Erzbischof von Kasan, Athanasius, einen Plan für den Abriss der Sofia-Kirche und den Bau eines neuen zweigeschossigen Gebäudes mit Kirche, Speisesaal und Krankenhaus vor. Aufgrund des Todes von Äbtissin Dorothea und fehlender Mittel blieb das Projekt jedoch lange Zeit unrealisiert und wurde schließlich erheblich verändert.

Am 8. Januar 1866 informierte Äbtissin Kalista den Bauausschuss, dass das Kloster mit dem Bau des neuen steinernen Gebäudes nur beginnen könne, wenn mindestens die Hälfte der benötigten Summe vorhanden sei. Äbtissin Anfija wurde mit einem Erlass vom 16. Oktober 1867 angewiesen, alle möglichen Maßnahmen zu ergreifen, um den Bau des Krankenhausgebäudes mit Kirche zu beginnen und Mittel zu suchen. Aufgrund fehlender Mittel konnte Äbtissin Anfija den Erlass jedoch nicht ausführen, und im März 1870 verfügte die Geistliche Konsistenz, die Aktivitäten des Bauausschusses auszusetzen. Die verbleibenden Mittel aus dem Projekt verwendete Äbtissin Anfija zum Kauf von Wachs für die Kerzenfabrik, die dem Kloster gute Einnahmen brachte. Im Jahr 1883 änderte Äbtissin Dorothea das Projekt von 1863 und begann mit dem Bau eines neuen steinernen Gebäudes mit einem Tempel zu Ehren der Erhebung des Heiligen Kreuzes rechts von der Sofia-Kirche. So stand die Sofia-Kirche, die auf eine Renovierung und den Abriss mehr als zwanzig Jahre wartete, noch über einhundert Jahre und wird bis heute erhalten.