L'église en pierre, située aux portes saintes sud du monastère, a été consacrée en l'honneur de saint Jean l'Évangéliste à la fin du XVIIe siècle. Cependant, après l'incendie de 1815, elle a été gravement endommagée. En 1820, l'église a été démontée et restaurée grâce aux efforts de l'abbesse Sophie, princesse Bolkhovskaya. En 1825, la famille Pouchkine a fait don de 550 roubles pour l'aménagement intérieur de l'église, et en 1826, elle a été consacrée en l'honneur des saintes martyres Foi, Espérance, Amour et leur mère Sophie. En 1857, les murs et le toit de l'église ont été repeints, et en juillet de l'année suivante, une nouvelle coupole a été installée à la place de l'ancienne. Le 30 décembre 1863, l'abbesse du monastère, l'abbesse Dorofeya, a présenté au métropolite de Kazan Athanase un projet de démolition de l'église de Sophie et de construction d'un nouveau bâtiment de deux étages avec une église, une salle à manger et un hôpital. Cependant, en raison de la mort de l'abbesse Dorofeya et du manque de fonds, le projet est resté longtemps irréalisé et a finalement été considérablement modifié.

Le 8 janvier 1866, l'abbesse Callista a informé le Comité de construction que le monastère ne pourrait commencer la construction du nouveau bâtiment en pierre qu'avec au moins la moitié de la somme nécessaire. À l'abbesse Anfie, un décret du 16 octobre 1867 a ordonné de prendre toutes les mesures possibles pour commencer la construction du bâtiment hospitalier avec l'église et de rechercher des fonds. Cependant, en raison du manque de fonds, l'abbesse Anfie n'a pas pu exécuter l'ordre, et en mars 1870, la Consistoire spirituelle a ordonné de suspendre les activités du Comité de construction. Les fonds restants du projet ont été dirigés par l'abbesse Anfie vers l'achat de cire pour l'usine de bougies, qui rapportait de bons revenus au monastère. En 1883, l'abbesse Dorofeya a modifié le projet de 1863 et a commencé la construction d'un nouveau bâtiment en pierre avec un temple en l'honneur de l'Exaltation de la Sainte Croix à droite de l'église de Sophie. Ainsi, l'église de Sophie, qui attendait une reconstruction et une démolition depuis plus de vingt ans, a encore tenu plus de cent ans et est toujours préservée aujourd'hui.