19 февраля 2005 года, по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, на Валааме была освящена церковь во имя Валаамской иконы Божией Матери. Накануне в нижнем храме Спасо-Преображенского собора, где хранится почитаемый список чудотворной Валаамской иконы, прошло Всенощное бдение. На освящение церкви прибыли благотворители обители, среди которых был Президент ОАО "Вексельный Дом Топливно-Энергетического комплекса" Сергей Юрьевич Рудов, благодаря усилиям и поддержке которого храм был восстановлен и украшен. Также присутствовал учредитель Некоммерческого Фонда "Связь поколений" Александр Иванович Котелкин и другие. После Божественной литургии, перед которой состоялось освящение, игумен монастыря архимандрит Панкратий выразил благодарность Сергею Юрьевичу Рудову за его вклад в восстановление храма.

Настенные росписи в церкви были выполнены в 2004 году художниками иконописной школы Московской духовной семинарии по образцам росписей Дионисия. На северной стене храма изображена композиция "О Тебе радуется", на парусах храма представлены изображения наиболее почитаемых икон Божией Матери, а среди святых в одной из росписей изображен преподобный Назарий Кондратьев.

Игумен Назарий был строителем первых каменных сооружений валаамской обители, включая церковь, освященную 4 августа 1793 года во имя святителя Николая. В 1853 году Никольская церковь, находившаяся в южной части внутреннего каре, была упразднена в связи с постройкой и освящением храма на Крестовом острове во имя святителя Николая Чудотворца. В упраздненной церкви была устроена ризница для хранения церковной утвари и икон. В 1897 году среди икон была чудесно обретена Валаамская икона Божией Матери, от которой исцелилась женщина, страдавшая тяжелой болезнью ног. Явление Божией Матери подтвердило ее особый Покров над Валаамом и ее присутствие на острове. Слова "Там живу. Меня увидишь на Валааме", сказанные в видении больной женщине, являются откровением Божией Матери о Валааме.

В 1911 году в помещении упраздненной церкви было открыто епархиальное древлехранилище. В 1970-х годах помещение использовалось как магазин и склад. С 1990 по 2000 год в бывшей церкви находилась монастырская ризница. В 1997 году указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II было установлено празднование иконы Божией Матери "Валаамская". Восстановление церкви началось в 2001 году, по благословению Его Святейшества. В 2002 году, 10 июля, во время посещения обители, Святейший Патриарх Алексий II совершил чин малого освящения храма. В настоящее время работы по украшению и росписи храма завершены: установлен резной позолоченный иконостас, киоты с образами и резные стасидии. По желанию благотворителя был создан точный список чудотворной иконы Божией Матери Валаамская, находящейся в Финляндии в монастыре Новый-Валаам, который теперь помещен в первой в России церкви, посвященной этому образу Божией Матери.