В описи Суздаля 1617 года Предтеченская церковь была описана как деревянная церковь Спаса Нерукотворного за городом, на площади у торга. Рядом находилась церковь Усекновения главы Иоанна Предтечи. В церквях были иконы, свечи, книги и другое имущество, принадлежавшее прихожанам. Службу вёл священник Яков Якимов. Обе деревянные церкви простояли до конца XVII века, после чего, благодаря усилиям митрополита Суздальского Иллариона, была построена каменная Предтеченская церковь. Однако в 1719 году она сгорела в пожаре, уцелела только южная стена. В 1720 году церковь была восстановлена в камне, с одним престолом.

Церковь была возведена почти одновременно с Никольской церковью в Кремле, но отличается более сдержанным декором. Углы основного объёма выполнены в виде имитации обшитых тёсом концов брёвен, что напоминает о деревянных храмах XVII века. Фасады украшены только оконными наличниками и небольшим порталом. Четырёхскатная крыша завершается небольшой луковичной главкой, а над порталом расположена шатровая колокольня с оконцами. Колокольня гармонично вписывается в основной объём церкви.

Под южной стеной церкви похоронен Трофим юродивый, местно почитаемый житель Суздаля, живший во времена Иоанна Грозного. Анания Федоров упоминает, что после пожара 1719 года три стены церкви обрушились, но южная осталась целой, поскольку под ней находился гроб Трофима. Образ Трофима был написан на доске и находился в церкви, а также в церкви Воскресения Христова. Однако в церкви не проводились панихиды и молебны у его гроба, хотя ранее его упоминали в молитвах.

9 декабря 1884 года в Суздале отмечали пятидесятилетие священства Леонида Афанасиевича Федоровского, служившего в Предтеченской церкви.

В конце XIX века церковь владела землёй площадью 425 кв. сажень. В причте состояли священник и псаломщик, а годовой доход составлял 325 рублей. Приход включал 23 двора, в которых проживали 60 мужчин и 62 женщины.

В мае 2016 года в Суздале началась реставрация креста с церкви Иоанна Предтечи. Работы стали возможны благодаря проекту депутата Григория Аникеева и Суздальского филиала Санкт-Петербургского государственного института культуры. Крест, который был сильно загрязнён и повреждён, реставрировали студенты. После восстановления крест вернули на купол церкви.