Dans l'inventaire de Souzdal de 1617, l'église de la Décollation était décrite comme une église en bois du Sauveur Non-Fait, située hors de la ville, sur la place près du marché. À proximité se trouvait l'église de la Décollation de la tête de Jean Baptiste. Les églises contenaient des icônes, des bougies, des livres et d'autres biens appartenant aux paroissiens. Le service était dirigé par le prêtre Yakov Yakimov. Les deux églises en bois ont tenu jusqu'à la fin du XVIIe siècle, après quoi, grâce aux efforts du métropolite de Souzdal, Hilarion, une église en pierre a été construite. Cependant, en 1719, elle a été détruite par un incendie, seule le mur sud a survécu. En 1720, l'église a été restaurée en pierre, avec un seul autel.

L'église a été érigée presque simultanément avec l'église Saint Nicolas dans le Kremlin, mais se distingue par une décoration plus sobre. Les angles du volume principal sont réalisés sous forme d'imitation de bords de rondins recouverts de planches, rappelant les églises en bois du XVIIe siècle. Les façades sont ornées uniquement de cadres de fenêtres et d'un petit portail. Le toit à quatre pentes se termine par un petit bulbe, et au-dessus du portail se trouve un clocher en forme de tente avec des fenêtres. Le clocher s'intègre harmonieusement dans le volume principal de l'église.

Sous le mur sud de l'église repose Trofim le fou, un habitant de Souzdal vénéré localement, ayant vécu à l'époque d'Ivan le Terrible. Anania Fedorov mentionne qu'après l'incendie de 1719, trois murs de l'église se sont effondrés, mais le sud est resté intact, car sous lui se trouvait le cercueil de Trofim. L'image de Trofim était peinte sur une planche et se trouvait dans l'église, ainsi que dans l'église de la Résurrection du Christ. Cependant, des panégyriques et des prières n'étaient pas célébrés à son cercueil, bien qu'il ait été mentionné dans les prières auparavant.

Le 9 décembre 1884, Souzdal a célébré le cinquantième anniversaire du sacerdoce de Leonid Afanasevich Fedorovsky, qui a servi dans l'église de la Décollation.

À la fin du XIXe siècle, l'église possédait un terrain de 425 verges carrées. Le clergé se composait d'un prêtre et d'un psalmiste, et le revenu annuel s'élevait à 325 roubles. La paroisse comprenait 23 foyers, où vivaient 60 hommes et 62 femmes.

En mai 2016, la restauration de la croix de l'église de Jean Baptiste a commencé à Souzdal. Les travaux ont été rendus possibles grâce au projet du député Grigory Anikeev et à la filiale de Souzdal de l'Institut d'État de Culture de Saint-Pétersbourg. La croix, qui était fortement encrassée et endommagée, a été restaurée par des étudiants. Après la restauration, la croix a été remise sur le dôme de l'église.