Первые четырнадцать лет своего существования Симбирская Духовная Семинария не имела собственного храма, и семинаристы посещали ближайший Спасо-Вознесенский собор. В 1841 году на месте каретников во дворе была построена ученическая столовая. В 1853 году при епископе Феодотии столовая была перестроена в храм, освященный в 1854 году в честь святителя Петра, митрополита Московского. 19 августа 1864 года семинарская церковь, как и все здания семинарии, сильно пострадала от пожара. При восстановлении она была перестроена по новому плану, разработанному губернским архитектором А.А. Белоусовым. 8 ноября 1870 года храм был освящен в честь Трех Святителей. Благодаря внутреннему убранству и прекрасному хору семинаристов Трехсвятский храм считался лучшим среди домовых церквей города. По инициативе Преосвященного Феоктиста в 1879 году при семинарской церкви было создано Братство Трех Святителей для помощи бедным семинаристам. С 1884 года братство занималось духовно-просветительской деятельностью, помогало церковно-приходским школам Симбирской епархии. Его главной целью было духовное просвещение народа, выпуск и продажа духовной литературы. В 1896 году уездные отделения братства открылись во всех уездных городах губернии, и оно просуществовало до 1917 года.

Семинарская церковь была закрыта в 1918 году, а 20 ноября того же года ее имущество передали Вознесенскому собору. Долгое время здание семинарского храма находилось в запустении. С 1960 по 1996 годы там размещалась скульптурная мастерская художественного фонда. В 1996 году здание храма передали Русской Православной Церкви, но из-за ветхости стен его демонтировали. От прежней семинарской церкви осталась только колокольня, построенная в 1893 году.

21 ноября 1996 года перед алтарем бывшей домовой церкви семинарии заложили небольшую деревянную церковь в честь Архистратига Михаила, и уже 23 февраля 1997 года в ней прошла первая Литургия. В конце мая 2001 года архиепископ Прокл освятил место для строительства нового храма и заложил первый камень, а осенью 2004 года над городом засияли его купола.

С 1998 года на месте демонтированного храма началось строительство нового, более величественного здания. Проект разработал главный архитектор города В.И. Некрасов.

«Свято место пусто не бывает». Сначала храм закрыли, потом он пришел в запустение и был разрушен, но теперь восстановлен и поражает своей красотой. Храм служит не только местом молитвы, но и домом знания. Сегодня большинство его прихожан, это преподаватели школ и вузов города, а также студенты и выпускники семинарий и академий.

С этой церковью связаны имена художников П.И. Пузыревского, С.Н. Огонь-Догановского, А.А. Пластова и Д.И. Архангельского, а также Великого архидиакона Константина Розова, который провозгласил многолетие при избрании Святейшего Патриарха Тихона в Храме Христа Спасителя в 1917 году.

2 апреля 2010 года храм в честь Трех Святителей обрел свой голос: настоятель храма протоиерей Николай Косых освятил колокола. На колокольне установили систему электронного управления колоколами, звонить в которые можно как вручную, так и с помощью пульта управления. Это первая и пока единственная подобная установка в Симбирской епархии.