Les quatorze premières années de son existence, le Séminaire Spirituel de Simbirsk n'avait pas de temple propre, et les séminaristes fréquentaient la cathédrale Spaso-Voznesensky la plus proche. En 1841, un réfectoire pour les étudiants a été construit à l'emplacement des carrossiers dans la cour. En 1853, sous l'évêque Théodote, le réfectoire a été reconstruit en église, consacrée en 1854 en l'honneur du saint Pierre, métropolite de Moscou. Le 19 août 1864, l'église du séminaire, comme tous les bâtiments du séminaire, a été gravement endommagée par un incendie. Lors de sa restauration, elle a été reconstruite selon un nouveau plan élaboré par l'architecte provincial A.A. Belousov. Le 8 novembre 1870, l'église a été consacrée en l'honneur des Trois Saints. Grâce à son intérieur richement décoré et à son excellent chœur de séminaristes, l'église des Trois Saints était considérée comme la meilleure parmi les églises domestiques de la ville. À l'initiative de l'Excellence Théokiste, en 1879, une Fraternité des Trois Saints a été créée auprès de l'église du séminaire pour aider les séminaristes pauvres. Depuis 1884, la fraternité s'est engagée dans des activités d'éducation spirituelle, aidant les écoles paroissiales de l'Éparchie de Simbirsk. Son objectif principal était l'illumination spirituelle du peuple, ainsi que l'édition et la vente de littérature spirituelle. En 1896, des sections de la fraternité ont ouvert dans toutes les villes de l'éparchie, et elle a existé jusqu'en 1917.

L'église du séminaire a été fermée en 1918, et le 20 novembre de la même année, ses biens ont été transférés à la cathédrale de l'Ascension. Pendant longtemps, le bâtiment de l'église du séminaire a été laissé à l'abandon. De 1960 à 1996, il a abrité un atelier de sculpture du fonds artistique. En 1996, le bâtiment de l'église a été transféré à l'Église orthodoxe russe, mais en raison de l'état délabré des murs, il a été démoli. De l'ancienne église du séminaire, seule la cloche, construite en 1893, est restée.

Le 21 novembre 1996, devant l'autel de l'ancienne église domestique du séminaire, une petite église en bois a été fondée en l'honneur de l'archange Michel, et déjà le 23 février 1997, la première Liturgie y a eu lieu. Fin mai 2001, l'archevêque Prokl a consacré le site pour la construction d'une nouvelle église et a posé la première pierre, et à l'automne 2004, ses coupoles ont brillé au-dessus de la ville.

Depuis 1998, la construction d'un nouveau bâtiment plus majestueux a commencé à l'emplacement de l'église démolie. Le projet a été élaboré par l'architecte en chef de la ville V.I. Nekrasov.

« Un lieu saint n'est jamais vide ». D'abord, l'église a été fermée, puis elle a été laissée à l'abandon et a été détruite, mais maintenant elle a été restaurée et impressionne par sa beauté. L'église sert non seulement de lieu de prière, mais aussi de maison de connaissance. Aujourd'hui, la majorité de ses paroissiens sont des enseignants des écoles et des universités de la ville, ainsi que des étudiants et des diplômés des séminaires et académies.

Cette église est liée aux noms des artistes P.I. Pouzyrevsky, S.N. Ogn-Doganovsky, A.A. Plastov et D.I. Arkhangelsky, ainsi qu'au Grand Archidiacre Constantin Rozov, qui a proclamé le multiséculaire lors de l'élection de Sa Sainteté le Patriarche Tikhon dans la Cathédrale du Christ Sauveur en 1917.

Le 2 avril 2010, l'église en l'honneur des Trois Saints a retrouvé sa voix : le recteur de l'église, le prêtre Nikolai Kossykh, a consacré les cloches. Une système de gestion électronique des cloches a été installé dans le clocher, permettant de sonner manuellement ou à l'aide d'une télécommande. C'est la première et pour l'instant la seule installation de ce type dans l'Éparchie de Simbirsk.