В 1723 году митрополит Иоанникий основал в Коломне архиерейскую школу для детей священнослужителей и тех, кто готовился к священству. Первые 30 семинаристов завершили двухлетнее обучение в 1725 году, а следующий выпуск насчитывал уже 120 человек. До 1799 года в этой школе учился будущий митрополит Московский и Коломенский Филарет Дроздов, который был канонизирован Русской Православной Церковью в 1994 году.

В 1799 году Коломенская епархия была упразднена, и семинария вместе с кафедрой епископа была переведена в Тулу. В Коломне, которая вошла в состав Московской епархии, на базе семинарии по просьбе местного духовенства было создано двухгодичное духовное училище. В него принимали мальчиков из духовного сословия в возрасте 8-10 лет. В 1917 году, после Октябрьской революции, Коломенское училище было закрыто, и многие служители Церкви пострадали. Среди новомучеников и исповедников были и выпускники этого училища.

В 1990 году по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия в Свято-Троицком Ново-Голутвине монастыре открылось Московское епархиальное духовное училище, которое позже стало Коломенской духовной семинарией.

В 2007 году по инициативе Николая Цветкова, Председателя Совета директоров ФК "УРАЛСИБ", и его семьи, с благословения митрополита Ювеналия через Фонд просвещения "МЕТА" началось строительство нового комплекса зданий для Коломенской семинарии. 12 августа 2012 года состоялось освящение храма в честь Трёх Святителей и нового комплекса зданий семинарии, общая площадь которых составляет 9 тысяч квадратных метров.