En 1723, le métropolite Ioannikiy a fondé à Kolomna une école épiscopale pour les enfants des clercs et ceux qui se préparaient au sacerdoce. Les 30 premiers séminaristes ont terminé leur formation de deux ans en 1725, et la promotion suivante comptait déjà 120 personnes. Jusqu'en 1799, cet établissement a accueilli le futur métropolite de Moscou et Kolomna, Philaret Drozdov, qui a été canonisé par l'Église orthodoxe russe en 1994.

En 1799, l'éparchie de Kolomna a été supprimée, et la séminaire, ainsi que le siège de l'évêque, a été transférée à Tula. À Kolomna, qui est devenue partie de l'éparchie de Moscou, une école spirituelle de deux ans a été créée sur demande du clergé local. Elle accueillait des garçons issus du clergé âgés de 8 à 10 ans. En 1917, après la Révolution d'Octobre, l'école de Kolomna a été fermée, et de nombreux membres du clergé ont souffert. Parmi les nouveaux martyrs et confesseurs se trouvaient des diplômés de cette école.

En 1990, avec la bénédiction du métropolite Juvenaliy de Kroutitski et Kolomna, une école spirituelle épiscopale de Moscou a ouvert ses portes au monastère de la Sainte-Trinité de Novo-Golutvina, qui est devenue plus tard la séminaire spirituelle de Kolomna.

En 2007, à l'initiative de Nikolai Tsvetkov, président du conseil d'administration de la FC "URALSB", et de sa famille, avec la bénédiction du métropolite Juvenaliy, la construction d'un nouveau complexe de bâtiments pour la séminaire de Kolomna a commencé grâce à la Fondation d'éducation "META". Le 12 août 2012, la consécration de l'église en l'honneur des Trois Saints et du nouveau complexe de bâtiments de la séminaire, d'une superficie totale de 9 000 mètres carrés, a eu lieu.