En 1723, el metropolitano Ioannikiy fundó en Kolomna una escuela arciprestal para los hijos de los clérigos y aquellos que se preparaban para el sacerdocio. Los primeros 30 seminaristas completaron su formación de dos años en 1725, y la siguiente promoción ya contaba con 120 personas. Hasta 1799, en esta escuela estudió el futuro metropolitano de Moscú y Kolomna, Filaret Drozdov, quien fue canonizado por la Iglesia Ortodoxa Rusa en 1994.

En 1799, la diócesis de Kolomna fue disuelta, y el seminario junto con la sede del obispo fue trasladado a Tula. En Kolomna, que pasó a formar parte de la diócesis de Moscú, se creó, a petición del clero local, una escuela espiritual de dos años. Se aceptaban niños de la clase espiritual de 8 a 10 años. En 1917, tras la Revolución de Octubre, la escuela de Kolomna fue cerrada, y muchos servidores de la Iglesia sufrieron. Entre los nuevos mártires y confesores estaban también graduados de esta escuela.

En 1990, con la bendición del metropolitano de Krutitsy y Kolomna, Juvenal, se abrió en el monasterio de la Santa Trinidad de Novo-Golutvina el seminario espiritual diocesano de Moscú, que más tarde se convirtió en el seminario espiritual de Kolomna.

En 2007, por iniciativa de Nikolai Tsvetkov, presidente del consejo de directores del FC 'URALSIБ', y su familia, con la bendición del metropolitano Juvenal, a través del Fondo de Educación 'META' comenzó la construcción de un nuevo complejo de edificios para el seminario de Kolomna. El 12 de agosto de 2012 se llevó a cabo la consagración de la iglesia en honor de los Tres Santos y del nuevo complejo de edificios del seminario, cuya superficie total es de 9 mil metros cuadrados.