Im Jahr 1723 gründete Metropolit Ioannikij in Kolomna eine Erzbischöfliche Schule für die Kinder von Geistlichen und diejenigen, die sich auf das Priestertum vorbereiteten. Die ersten 30 Seminaristen schlossen 1725 ihre zweijährige Ausbildung ab, und der nächste Jahrgang umfasste bereits 120 Personen. Bis 1799 studierte in dieser Schule der zukünftige Metropolit von Moskau und Kolomna, Filaret Drozdov, der 1994 von der Russisch-Orthodoxen Kirche heiliggesprochen wurde.

Im Jahr 1799 wurde das Kolomnaer Bistum aufgelöst, und das Seminar wurde zusammen mit dem Bischofssitz nach Tula verlegt. In Kolomna, das Teil des Moskauer Bistums wurde, wurde auf Wunsch des lokalen Klerus auf der Basis des Seminars eine zweijährige geistliche Schule gegründet. Dort wurden Jungen aus dem geistlichen Stand im Alter von 8-10 Jahren aufgenommen. Im Jahr 1917, nach der Oktoberrevolution, wurde die Kolomnaer Schule geschlossen, und viele Kirchenmitarbeiter litten. Unter den neuen Märtyrern und Bekennenden waren auch Absolventen dieser Schule.

Im Jahr 1990 wurde mit der Segnung von Metropolit Juvenalij in dem Heiligen Dreifaltigkeits-Neu-Golutvin Kloster die Moskauer Diözesan-Theologische Schule eröffnet, die später zur Kolomna Theologischen Seminar wurde.

Im Jahr 2007 begann auf Initiative von Nikolaj Zvetkov, dem Vorsitzenden des Aufsichtsrats der FC "URALSIБ", und seiner Familie, mit der Segnung von Metropolit Juvenalij und durch die Bildungsstiftung "META" der Bau eines neuen Gebäudekomplexes für das Kolomna Seminar. Am 12. August 2012 fand die Weihe der Kirche zu Ehren der Drei Heiligen und des neuen Gebäudekomplexes des Seminars statt, dessen Gesamtfläche 9.000 Quadratmeter beträgt.