Церковь расположена в Гефсимании, рядом с гробницей Богородицы, на склоне Елеонской горы. Она была построена Императорским православным палестинским обществом на средства императорской семьи в память об императрице Марии Александровне и освящена в 1888 году в честь святой Марии Магдалины. С 1921 года здесь хранятся мощи святых преподобномучениц великой княгини Елизаветы Федоровны и инокини Варвары.

Идея строительства храма в память императрицы Марии Александровны принадлежала начальнику Русской духовной миссии в Иерусалиме, архимандриту Антонину (Капустину), который также предложил участок на склоне Елеонской горы для его возведения. К осени 1882 года земля была приобретена. Архитектор Давид Гримм разработал проект, и церковь была заложена 21 января 1885 года. Строительство велось Императорским православным палестинским обществом под руководством архимандрита Антонина. Работы выполняли иерусалимские архитекторы Конрад Шик и затем Георгий Франгия. На строительство храма Александр III пожертвовал 100 тысяч рублей, его братья, по 15 тысяч, а великая княжна Мария Александровна, 5 тысяч рублей. Патриарх Иерусалимский освятил храм в октябре 1888 года в присутствии великих князей Сергея Александровича и Павла Александровича, а также великой княгини Елизаветы Фёдоровны.

В январе 1921 года в церкви были погребены тела великой княгини Елизаветы Фёдоровны и её келейницы Варвары, доставленные из России через Китай. Погребение совершил патриарх Иерусалимский Дамиан.

В 1934 году шотландка Мария (Робинсон), принявшая православие, основала здесь женскую православную общину во имя Воскресения Христова и стала её настоятельницей. Она поселилась с частью сестёр в русской части Гефсиманского сада у церкви святой Марии Магдалины, где удалось установить ежедневное богослужение и наладить монашескую жизнь.

При общине была организована школа для православных детей арабов, которая существует и сегодня.

В 1988 году, в честь столетия освящения церкви Святой Марии Магдалины, Гефсиманская община была возведена в ранг монастыря.

На территории храма похоронена принцесса Алиса Баттенберг, мать принца Филиппа, супруга королевы Елизаветы II.

Семиглавый однопрестольный храм построен из бело-серого иерусалимского камня и является примером русской архитектуры московского стиля. У церкви есть небольшая колокольня. Иконостас выполнен из белого мрамора с бронзовым орнаментом, а пол, из разноцветного мрамора. Иконы для иконостаса написали художники Сергей Иванов и Василий Верещагин. На алтарной арке находится известное изображение «Мария Магдалина перед римским императором Тиверием» работы Сергея Иванова. Помимо Верещагина и Иванова, живописные работы выполняли Алексей Корзухин, Александр Соколов и Евграф Сорокин.