L'église est située à Gethsémani, près du tombeau de la Vierge, sur le flanc du mont des Oliviers. Elle a été construite par la Société impériale orthodoxe palestinienne avec des fonds de la famille impériale en mémoire de l'impératrice Maria Alexandrovna et consacrée en 1888 en l'honneur de Sainte Marie Madeleine. Depuis 1921, elle abrite les reliques des saintes martyrs la grande duchesse Élisabeth Fiodorovna et la moniale Varvara.

L'idée de construire le temple en mémoire de l'impératrice Maria Alexandrovna appartient au chef de la mission spirituelle russe à Jérusalem, l'archimandrite Antonin (Kapustin), qui a également proposé le terrain sur le flanc du mont des Oliviers pour sa construction. À l'automne 1882, le terrain a été acquis. L'architecte David Grimm a élaboré le projet, et l'église a été posée le 21 janvier 1885. La construction a été réalisée par la Société impériale orthodoxe palestinienne sous la direction de l'archimandrite Antonin. Les travaux ont été effectués par les architectes de Jérusalem Konrad Schick et ensuite Georgy Frangia. Pour la construction du temple, Alexandre III a fait don de 100 000 roubles, ses frères, 15 000 chacun, et la grande duchesse Maria Alexandrovna, 5 000 roubles. Le patriarche de Jérusalem a consacré le temple en octobre 1888 en présence des grands-ducs Serge Alexandrovitch et Paul Alexandrovitch, ainsi que de la grande duchesse Élisabeth Fiodorovna.

En janvier 1921, les corps de la grande duchesse Élisabeth Fiodorovna et de sa servante Varvara, transportés de Russie à travers la Chine, ont été enterrés dans l'église. L'enterrement a été effectué par le patriarche de Jérusalem Damianos.

En 1934, une Écossaise, Maria (Robinson), qui a embrassé l'orthodoxie, a fondé ici une communauté orthodoxe féminine au nom de la Résurrection du Christ et en est devenue la supérieure. Elle s'est installée avec une partie des sœurs dans la partie russe du jardin de Gethsémani près de l'église Sainte-Marie-Madeleine, où il a été possible d'établir un service quotidien et d'organiser la vie monastique.

Une école pour les enfants orthodoxes arabes a été organisée au sein de la communauté, qui existe encore aujourd'hui.

En 1988, à l'occasion du centenaire de la consécration de l'église Sainte-Marie-Madeleine, la communauté de Gethsémani a été élevée au rang de monastère.

Sur le terrain de l'église repose la princesse Alice de Battenberg, mère du prince Philippe, époux de la reine Élisabeth II.

L'église à sept dômes et à un autel est construite en pierre de Jérusalem blanc-gris et est un exemple de l'architecture russe de style moscovite. L'église possède un petit clocher. Le retable est en marbre blanc avec des ornements en bronze, et le sol est en marbre multicolore. Les icônes du retable ont été peintes par les artistes Serge Ivanov et Vassili Vereshchagin. Sur l'arc de l'autel se trouve l'image célèbre « Marie Madeleine devant l'empereur romain Tibère » réalisée par Serge Ivanov. En plus de Vereshchagin et Ivanov, des œuvres picturales ont été réalisées par Alexei Korzukhin, Alexandre Sokolov et Evgraf Sorokin.