La iglesia está situada en Getsemaní, cerca de la tumba de la Virgen María, en la ladera del Monte de los Olivos. Fue construida por la Sociedad Ortodoxa Palestina Imperial con fondos de la familia imperial en memoria de la emperatriz María Alexandrovna y fue consagrada en 1888 en honor a Santa María Magdalena. Desde 1921, aquí se guardan las reliquias de las santas mártires, la gran duquesa Isabel Feodorovna y la monja Varvara.

La idea de construir el templo en memoria de la emperatriz María Alexandrovna pertenecía al jefe de la misión espiritual rusa en Jerusalén, el archimandrita Antonino (Kapustin), quien también propuso el terreno en la ladera del Monte de los Olivos para su edificación. Para el otoño de 1882, la tierra fue adquirida. El arquitecto David Grimm desarrolló el proyecto, y la iglesia fue inaugurada el 21 de enero de 1885. La construcción fue llevada a cabo por la Sociedad Ortodoxa Palestina Imperial bajo la dirección del archimandrita Antonino. Los arquitectos de Jerusalén Conrad Schick y luego Georgiy Frangiya realizaron los trabajos. Para la construcción del templo, Alejandro III donó 100 mil rublos, sus hermanos, 15 mil cada uno, y la gran duquesa María Alexandrovna, 5 mil rublos. El patriarca de Jerusalén consagró el templo en octubre de 1888 en presencia de los grandes duques Sergey Alexandrovich y Pavel Alexandrovich, así como de la gran duquesa Isabel Feodorovna.

En enero de 1921, los cuerpos de la gran duquesa Isabel Feodorovna y su asistente Varvara fueron enterrados en la iglesia, traídos desde Rusia a través de China. El entierro fue realizado por el patriarca de Jerusalén, Damian.

En 1934, la escocesa María (Robinson), quien se convirtió al ortodoxismo, fundó aquí una comunidad ortodoxa femenina en nombre de la Resurrección de Cristo y se convirtió en su abadesa. Se estableció con parte de las hermanas en la parte rusa del Jardín de Getsemaní, cerca de la iglesia de Santa María Magdalena, donde se logró establecer un servicio diario y organizar la vida monástica.

Se organizó una escuela para niños árabes ortodoxos en la comunidad, que existe hasta hoy.

En 1988, en honor al centenario de la consagración de la iglesia de Santa María Magdalena, la comunidad de Getsemaní fue elevada al rango de monasterio.

En el territorio de la iglesia está enterrada la princesa Alicia de Battenberg, madre del príncipe Felipe, esposo de la reina Isabel II.

El templo de una sola nave y siete cúpulas está construido de piedra blanca y gris de Jerusalén y es un ejemplo de la arquitectura rusa de estilo moscovita. La iglesia tiene un pequeño campanario. El iconostasio está hecho de mármol blanco con ornamentación de bronce, y el suelo, de mármol multicolor. Las iconos para el iconostasio fueron pintados por los artistas Sergey Ivanov y Vasily Vereshchagin. En el arco del altar se encuentra la famosa imagen "María Magdalena ante el emperador romano Tiberio" de Sergey Ivanov. Además de Vereshchagin e Ivanov, las obras pictóricas fueron realizadas por Alexey Korzukhin, Alexander Sokolov y Yevgraf Sorokin.