Die Kirche befindet sich in Gethsemane, neben dem Grab der Gottesmutter, am Hang des Ölbergs. Sie wurde von der Kaiserlichen Orthodoxen Palästinensischen Gesellschaft mit Mitteln der kaiserlichen Familie zum Gedenken an die Kaiserin Maria Alexandrowna erbaut und 1888 zu Ehren der heiligen Maria Magdalena geweiht. Seit 1921 werden hier die Reliquien der heiligen Märtyrerinnen der großen Fürstin Elisabeth Fjodorowna und der Nonne Barbara aufbewahrt.

Die Idee zum Bau der Kirche zum Gedenken an die Kaiserin Maria Alexandrowna stammt von dem Leiter der Russischen Geistlichen Mission in Jerusalem, dem Archimandriten Antonin (Kapustin), der auch das Grundstück am Hang des Ölbergs für den Bau vorschlug. Bis zum Herbst 1882 wurde das Land erworben. Der Architekt David Grimm entwarf das Projekt, und die Kirche wurde am 21. Januar 1885 eingeweiht. Der Bau wurde von der Kaiserlichen Orthodoxen Palästinensischen Gesellschaft unter der Leitung des Archimandriten Antonin durchgeführt. Die Arbeiten wurden von den Jerusalemer Architekten Konrad Schick und später Georgij Frangija ausgeführt. Für den Bau der Kirche spendete Alexander III. 100.000 Rubel, seine Brüder je 15.000 Rubel, und die große Fürstin Maria Alexandrowna 5.000 Rubel. Der Patriarch von Jerusalem weihte die Kirche im Oktober 1888 im Beisein der großen Fürsten Sergej Alexandrowitsch und Pawel Alexandrowitsch sowie der großen Fürstin Elisabeth Fjodorowna.

Im Januar 1921 wurden die Leichname der großen Fürstin Elisabeth Fjodorowna und ihrer Dienerin Barbara, die aus Russland über China gebracht wurden, in der Kirche beigesetzt. Die Beisetzung wurde vom Patriarchen von Jerusalem Damian durchgeführt.

1934 gründete die Schottin Maria (Robinson), die zum Orthodoxen Glauben konvertierte, hier eine weibliche orthodoxe Gemeinde im Namen der Auferstehung Christi und wurde deren Äbtissin. Sie ließ sich mit einem Teil der Schwestern im russischen Teil des Gethsemane-Gartens bei der Kirche der heiligen Maria Magdalena nieder, wo es gelang, einen täglichen Gottesdienst einzurichten und das klösterliche Leben zu organisieren.

In der Gemeinde wurde eine Schule für arabische orthodoxe Kinder eingerichtet, die bis heute besteht.

1988, zum hundertjährigen Jubiläum der Weihe der Kirche der heiligen Maria Magdalena, wurde die Gethsemane-Gemeinde zum Kloster erhoben.

Auf dem Gelände der Kirche ist die Prinzessin Alice von Battenberg, die Mutter von Prinz Philip, dem Ehemann von Königin Elisabeth II., beigesetzt.

Die siebenkuppelige Einraumkirche wurde aus weiß-grauem Jerusalemer Stein erbaut und ist ein Beispiel für die russische Architektur im Moskauer Stil. Die Kirche hat einen kleinen Glockenturm. Der Ikonostase ist aus weißem Marmor mit bronzenem Ornament gefertigt, und der Boden ist aus mehrfarbigem Marmor. Die Ikonen für den Ikonostase wurden von den Künstlern Sergej Ivanov und Wassili Wereschtschagin gemalt. An der Altarbogen befindet sich das bekannte Bild „Maria Magdalena vor dem römischen Kaiser Tiberius“ von Sergej Ivanov. Neben Wereschtschagin und Ivanov haben auch Alexej Korzuchin, Alexander Sokolow und Jewgraf Sorokin malerische Arbeiten ausgeführt.