В XIX и начале XX века Стамбул часто служил остановкой для паломников, направлявшихся на Афон или в Святую землю. Для их удобства неподалеку от порта было построено подворье, на шестом этаже которого находился храм. В 1914 году турецкие власти использовали русское подворье как склад, но уже в 1918 году оно вновь открылось.

После Октябрьской революции в Стамбул прибыло множество русских эмигрантов, и церковь Святого Апостола Андрея Первозванного стала для них важным местом. В 1928 и 1929 годах художник Николай Перов расписал ее интерьеры. Хотя в 1930-е годы церковь временно закрывалась, с 60-х до 90-х годов XX века она оставалась единственным действующим храмом в Стамбуле. В настоящее время богослужения в церкви проводятся нерегулярно.