Au XIXe et au début du XXe siècle, Istanbul servait souvent d'étape pour les pèlerins se rendant à Athos ou en Terre Sainte. Pour leur confort, un monastère a été construit près du port, avec un temple au sixième étage. En 1914, les autorités turques ont utilisé le monastère russe comme entrepôt, mais il a rouvert en 1918.

Après la Révolution d'Octobre, de nombreux émigrés russes sont arrivés à Istanbul, et l'église de Saint André est devenue un lieu important pour eux. En 1928 et 1929, l'artiste Nicolas Piorov a décoré ses intérieurs. Bien que l'église ait été temporairement fermée dans les années 1930, elle est restée le seul temple actif à Istanbul des années 60 aux années 90. Actuellement, les services religieux dans l'église sont célébrés de manière irrégulière.