En el siglo XIX y a principios del XX, Estambul a menudo servía como parada para los peregrinos que se dirigían a Monte Athos o a Tierra Santa. Para su comodidad, se construyó un convento cerca del puerto, en el sexto piso del cual se encontraba el templo. En 1914, las autoridades turcas utilizaron el convento ruso como almacén, pero ya en 1918 volvió a abrirse.

Después de la Revolución de Octubre, llegó a Estambul una gran cantidad de emigrantes rusos, y la iglesia del Santo Apóstol Andrés se convirtió en un lugar importante para ellos. En 1928 y 1929, el artista Nikolai Pеров decoró sus interiores. Aunque en la década de 1930 la iglesia fue cerrada temporalmente, desde los años 60 hasta los 90 del siglo XX, fue el único templo en funcionamiento en Estambul. Actualmente, los servicios en la iglesia se celebran de manera irregular.