Деревянный храм святителя Николая изначально был построен в селе Никольск, находящемся в Тугнуйской межгорной долине на границе Бурятии и Забайкальского края. Этот регион стал новым домом для тысяч семейских старообрядцев, переселенных из Речи Посполитой в XVIII веке. Их переселяли целыми семьями, поэтому они получили название «семейские».

Храм, возведенный в 1884 году, является прекрасным примером народной деревянной храмовой архитектуры, традиции которой семейские сохраняли еще с тех времен, когда их предки жили на своей исконной территории. Церковь построена из бруса, срубленного «в лапу», и основные части здания состоят из 23 венцов. От веранды и притвора через трапезную к молитвенному помещению здание постепенно расширяется. Пятистенная апсида, выступающая часть, ниже уровня молитвенного зала. Звонница расположена над трапезной и увенчана восьмигранным куполом, как и главное помещение. Восьмерик в трапезной и храмовом помещении установлен на четверик. Церковь стоит на бутовом фундаменте, имеет массивную двудольную входную дверь и две голландские печи.

Как и многие старообрядческие храмы, в 30-х годах XX века храм в селе Никольск был закрыт и использован как склад. В 1971 году его разобрали, перевезли в этнографический музей народов Забайкалья и собрали заново. Основные реставрационные работы завершились к 1977 году. В 1998 году иконостас стал доступен для посетителей. В 2008 году в иконостасе насчитывалось 32 иконы, из которых 23 были подлинными, а остальные подобраны по тематике и размерам. Полностью утрачены Праздничный чин и ряд икон церковных праздников, посвященных Воплощению Иисуса Христа. После реставрации в селе Никольске была найдена подлинная икона «Тайная вечеря» из Праздничного чина. Пустые места закрыты тонированным деревянным полотном. В 1981 году две иконы были похищены.

Сегодня храм является частью музейной экспозиции, но в особо торжественные дни в нем проводятся богослужения духовенством Русской Православной Старообрядческой Церкви.