Церковь расположена к востоку от Успенского собора и является частью плана Гостиного двора. Первоначально она была построена из дерева в 1206 или 1216 году, но была сожжена в Смутное время. Восстановленная в 1654 году, она снова сгорела в 1671 году. Каменная бесстолпная церковь была возведена в 1685-1690 годах. Интерьер церкви Спаса на Торгу, благодаря своей устремленности ввысь и сплошной алтарной преграде, напоминает интерьеры ростовских митрополичьих храмов. В 1762-1764 годах храм был расписан ярославскими мастерами, включая Афанасия и Ивана Шустовых, Михаила Соплякова и других.

В 1839 году Спасская церковь сильно пострадала от городского пожара, и живопись стен покрылась копотью, что потребовало её обновления в 1840-х годах. В это же время для иконостаса была изготовлена бронзовая ажурная оправа с арочками и литыми головками херувимов. Стены, обновленные клеевыми красками, утратили свой первоначальный яркий колорит, который сохранился лишь на сводах и в верхнем ярусе стен.

Система росписи, с небольшими изменениями, в основном следует ростовским традициям. В куполе изображен «Бог Саваоф», благословляющий двумя руками, в простенках барабана, пророки, на парусах и подкупольных арках, красные херувимы. Евангелисты изображены в круглых медальонах над окнами центрального барабана. На сводах представлены основные праздники, такие как «Воскресение», «Вознесение» и «Сошествие Святого Духа». Живопись на стенах распределена в пять поясов. В трех верхних поясах подробно иллюстрируется земная жизнь Христа и притчи, которые оригинальны по своей иконографии. Два нижних яруса посвящены циклу «Страстей Христовых», с особенно выразительной композицией «Шествие на Голгофу», где в центре процессии изображен благоразумный разбойник Рах.

Всю восточную стену занимает пятиъярусный иконостас, четыре верхних яруса которого написаны прямо на стене. На восточном своде иконостас венчает «Распятие», по сторонам которого расположены «Благовещение» и «Положение во гроб». Перед царскими вратами иконостаса находится каменная сень на колоннах, украшенная изображениями ангелов с крестами. На лобовой части сени изображены «Распятие» и сцены «Евхаристии», в своде сени, «Христос Архиерей». На оконных откосах изображены преподобные в рост, а в замковых арках, «Саваоф», «Благое молчание», «Знамение», «Вседержитель», «Ангел Господен», «Эммануил» и «Деисус из трех медальонов». В отличие от митрополичьих церквей, иконография алтаря скромна и ограничена изображением «Христа Вседержителя» в центральной конхе, остальные части алтаря забелены и украшены классическим орнаментом.

В целом роспись отличается хорошими ярусными пропорциями и классически ясным построением всех клейм. Выполненная в 1760-х годах, она свидетельствует о долгом существовании в ярославской школе древних монументальных традиций. Важную роль в декоративности росписи играют насыщенные по цвету архитектурные кулисы, их значение чисто орнаментальное, а украшающие их узорчатые ткани напоминают крестьянские занавески из цветной набойки.

После революции церковь была закрыта, и в её здании разместили городскую библиотеку. Фрески были забелены. Храм серьёзно пострадал из-за повышения уровня грунтовых вод. Реставрация началась в 1960-х годах, но наиболее значительные работы были проведены в 2000-х годах на средства Всемирного фонда спасения исторических памятников. В 2009 году храм был возвращен Русской Православной Церкви.