Село Санниково впервые упоминается в писцовых книгах XVI века как вотчина рода Борисовых. В то время здесь существовал храм, посвященный святителю Николаю Чудотворцу.

В 1864 году был построен каменный храм во имя Преображения Господня с приделом, посвященным святителю Николаю Чудотворцу, в теплом храме. Село принадлежало боярыне Марии Ростовой. К концу XVIII века в Санниково насчитывалось около 60 хозяйств, действовали церковь и приходская школа.

Храм был полностью завершен в 1897 году и имел два придела: главный в холодном храме в честь Преображения Господня и придел святителя Николая Чудотворца в теплом храме. Колокольня достигала высоты 35 метров и имела пять колоколов, самый большой из которых весил 4 тонны.

Приход Санниковского храма включал еще четыре деревни: Степаньково, Березовка, Саксино и Ивань.

В советское время здесь был создан колхоз «Организованный труд», а храм разрушили в 1936 году. Школа просуществовала до 1969 года. В 1930-х годах местный колхоз вошел в состав колхоза «Борьба» с центральной усадьбой в деревне Степаньково, а школа стала частью Степаньковской восьмилетней школы.

Сегодня село Санниково входит в состав Борисоглебского сельского поселения. На его территории находятся 80 домов, а по данным переписи 2010 года здесь проживает 58 человек. В 2013 году началось восстановление Спасо-Преображенского храма, что стало радостью для местных жителей.